
تعداد نشریات | 26 |
تعداد شمارهها | 447 |
تعداد مقالات | 4,557 |
تعداد مشاهده مقاله | 5,380,005 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 3,580,078 |
کنکاش بیوانفورماتیکی ریزRNAهای bta-mir-146a ، bta-mir- 223،bta-mir 21-5p ، bta-mir-181 و bta-mir-16a در مسیرهای پیامدهی سلولی ورم پستان درگاو شیری | ||
مجله بیوتکنولوژی کشاورزی | ||
مقاله 1، دوره 11، شماره 1 - شماره پیاپی 33، خرداد 1398، صفحه 1-24 اصل مقاله (5.24 M) | ||
نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22103/jab.2019.12015.1046 | ||
نویسندگان | ||
مصطفی قادری* 1؛ زهرا بیرانوند2؛ سید ضیا الدین میرحسینی2؛ سید حسین حسینی مقدم2؛ آرش فاضلی3 | ||
1یاسوج دانشگاه یاسوج دانشکده کشاورزی | ||
2دانشگاه گیلان | ||
3دانشگاه ایلام | ||
چکیده | ||
هدف: کنکاش مسیرهای پیامدهی در بیماریهایی مثل ورم پستان در گاو شیری که بیشتر تحت تاثیر فرایندهای فراژنتیک هستند، ضروری به نظر میرسد. مواد و روشها: در این پژوهش 5 مولکول ریزRNA کاندید با شماره دسترسیهای bta-mir- 223،bta-mir 21-5p ، bta-mir-181، bta-mir-146a و bta-mir-16a در منابع شناسایی و استخراج شدند و با استفاده از پایگاه داده Mirtarbase و پایگاه داده Targetscan به ترتیب ژنهای هدف تایید شده و پیشبینی شده برای هر یک از ریزRNAهای بالا استخراج شدند. سپس بیان ژنهای هدف پیشبینی شده و تایید شده برای هر یک از ریزRNAهای بالا در بافت غدد پستانی در پایگاه NCBI بررسی شدند. علاوه بر این با استفاده از نرم افزار DAVID، مسیرهای پیامرسانی سلولی در KEGG مشخص شدند. نتایج: بر اساس نتایج بدست آمده مشخص شد که ریز bta-mir-146a RNAاز طریق تاثیر بر 7 پروتئین، و ریز RNA bta-mir-223 از طریق تاثیر بر 11 پروتئین و ریز bta-mir 21-5p RNA از طریق تاثیر بر 9 پروتئین در مسیرهای پیامدهی سلولی مختلفی درگیر هستند، و لذا احتمالا در بیماری ورم پستان گاو شیری نقش دارند. همچنین نتایج نشان داد که دو ریز bta-mir-181 RNAو bta-mir-16a در مسیرهای پیامدهی مهمی مثل GnRH signaling pathway، Estrogen signaling pathway، Progesterone-mediated oocyte maturation، Oxytocin Signaling Pathway و MAPK Signaling Pathway نقش مهمی را بازی میکنند. نتیجه گیری: این پژوهش نشان میدهد که ریزRNAهای مورد بررسی میتوانند به عنوان نشانگرهای مولکولی، در علت یابی ملکولی بیماری ورم پستان گاو شیری نقش مهمی ایفا کنند. | ||
کلیدواژهها | ||
بیوانفورماتیک؛ ریز RNA؛ مسیر پیامرسانی سلولی؛ ورم پستان؛ KEGG | ||
سایر فایل های مرتبط با مقاله
|
||
مراجع | ||
منابع خراتیکوپایی حامد، محمدآبادی محمدرضا و همکاران (1390) تغییرات ژنتیکی ژن DGAT1 و ارتباط آن با تولید شیر در جمعیت گاو هولشتاین ایران. مجله علمی پژوهشی ایران 3(2)، 192-185 . خراتیکوپایی حامد، محمدآبادی محمدرضا، ترنگ علیرضا و همکاران (1391) بررسی ارتباط بین تغییرات آلل ژن DGAT1 با ورم پستان در گاوهای هولشتاین ایران. مجله ژنتیک نوین 7(1)، 101-104. هادیزاده مرتضی، محمدآبادی محمدرضا، نیازی علی و همکاران (1392) استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیک برای مطالعه اگزون 2 ژن GDF9 در بز های تالی و بیتال. مجله ژنتیک نوین 8) 334(، 288-283. هادیزاده مرتضی، نیازی علی، محمدآبادی محمدرضا و همکاران (1392) تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک از اگزون 2 ژنBMP15 در بزهای تالی و بیتال. ژنتیک نوین 9(1)،120-117.
References Baghizadeh A, Bahaaddini M, Mohamadabadi MR, Askari N (2009) Allelic variations in exon 2 of caprine MHC class II DRB3 gene in Raeini Cashmere Goat. American-Eurasian J Agric Environ Sci 6, 454-459. Buitenhuis B, Røntved CM, Edwards SM et al. (2011) In depth analysis of genes and pathways of the mammary gland involved in the pathogenesis of bovine Escherichia coli-mastitis. BMC Genomics 12, 130-142. De Schepper S, De Ketelaere A, Bannerman DD et al. (2008) The toll-like receptor-4 (TLR-4) pathway and its possible role in the pathogenesis of Escherichia coli mastitis in dairy cattle. Vet Res 39, 1-23. Den Breems NY, Nguyen LK, Kulasiri D (2014) Integrated signaling pathway and gene expression regulatory model to dissect dynamics of Escherichia coli challenged mammary epithelial cells. Bio Systems 126, 27-40. Duman RS, Voleti B (2012) Signaling pathways underlying the pathophysiology and treatment of depression: novel mechanisms for rapid-acting agents. Trends Neurosci 35, 47–56. Hadizadeh M, Mohammadabadi MR, Niazi A et al. (2013). Use of bioinformatics tools to study exon 2 of GDF9 gene in Tali and Beetal goats. Modern Genet J 8, 283-288 (In Persian). Hadizadeh M, Niazi A, Mohammad Abadi MR et al. (2014). Bioinformatics analysis of the BMP15 exon 2 in Tali and Beetal goats. Modern Genet J 9, 117-120 (In Persian). Hein G, Panzani C, Rodríguez F et al. (2015) Impaired insulin signaling pathway in ovarian follicles of cows with cystic ovarian disease. Anim Reprod Sci 156, 64-74. Huang DW, Sherman BT, Lempicki RA (2009) Systematic and integrative analysis of large gene lists using DAVID bioinformatics resources. NatureProtocols 4, 44-57. Gigli I, Maizon DO (2013) MicroRNAs and the mammary gland: A new understanding of gene expression. Genet Mol Biol 36, 465-474. Jin W, Ibeagha-Awemu EM, Liang G et al. (2014) Transcriptome microRNA profiling of bovine mammary epithelial cells challenged with Escherichia coli or Staphylococcus aureus bacteria reveals pathogen directed microRNA expression profiles. BMC genomics 15, 181-192. Kharrati Koopaei H, Mohammad Abadi MR, Ansari Mahyari S et al. (2012a) Effect of DGAT1 variants on milk composition traits in Iranian Holstein cattle population. Anim Sci Papers Report 30, 231-240. Kharrati Koopaei H, Mohammadabadi MR, Ansari Mehyari S et al. (2011) Genetic Variation of DGAT1 gene and its association with milk production in Iranian Holstein cattle breed population. Iran J Anim Sci Res 3, 185-192 (In Persian). Kharrati koopaei H, Mohammadabadi MR, Tarang A et al. (2012b) Study of the association between the allelic variations in DGAT1 gene with mastitis in Iranian Holstein cattle. Modern Genet J 7, 101-104 (In Persian). Lakhter AJ, Pratt RE, Moore RE et al. (2018) Beta cell extracellular vesicle miR-21-5p cargo is increased in response to inflammatory cytokines and serves as a biomarker of type 1 diabetes. Diabetilogia 61, 1124-1134. Lawless N, Reinhardt TA, Bryan K et al. (2014) MicroRNA regulation of bovine monocyte inflammatory and metabolic networks in an in vivo infection model. G3: Gene Genome Genet 4, 957-971. Li L, Huang J, Zhang X et al. (2012) One SNP in the 3′-UTR of HMGB1 gene affects the binding of target bta-miR-223 and is involved in mastitis in dairy cattle. Immunogenet 64, 817-824. Li R, Zhang CL, Liao XX et al. (2015) Transcriptome MicroRNA Profiling of Bovine Mammary Glands Infected with Staphylococcus aureus. International J Mol Sci 16, 4997-5013. Liu Y, Zhang J, Zhou YH et al. (2015) IL-6/STAT3 signaling pathway is activated in plasma cell mastitis. International J Clinic Experiment Pathol 8, 12541–12548. Martin G S. (2003) Cell signaling and cancer. Cancer cell 4, 167-174. Maurin T, Cazalla D, Yang JS et al. (2012) RNase III-independent microRNA biogenesis in mammalian cells. RNA 18, 2166-2173. Mohammadabadi MR, Shaikhaev GO, Sulimova GE et al (2004) Detection of bovine leukemia virus proviral DNA in Yaroslavsl, Mongolian and black pied cattle by PCR. Cell Mol Biol Letter 9, 766-768. Mohammadabadi MR, Soflaei M, Mostafavi H, Honarmand M (2011) Using PCR for early diagnosis of bovine leukemia virus infection in some native cattle. Genet Mol Res 10, 2658-2663. Mohammadi A, Nassiry MR, Mosafer J et al. (2009) Distribution of BoLA-DRB3 allelic frequencies and identification of a new allele in the Iranian cattle breed Sistani (Bos indicus). Russ J Genet 45, 198-202. Naeem A, Zhong K, Moisá S et al. (2012) Bioinformatics analysis of microRNA and putative target genes in bovine mammary tissue infected with Streptococcus uberis. J Dairy Sci 95, 6397-6408. Ruzina MN, Shtyfurko TA, Mohammadabadi MR et al. (2010) Polymorphism of the BoLA-DRB3 gene in the Mongolian, Kalmyk, and Yakut cattle breeds. Russ J Genet 46, 456-463. Rosa RD, Capelli-Peixoto J, Mesquita RD et al. (2016) Exploring the immune signaling pathway-related genes of the cattle tick Rhipicephalus microplus: from molecular characterization to transcriptional profile upon microbial challenge. Develop Comparative Immunol 59, 1-14. Santosh B, Varshney A, Yadava PK (2015) Noncoding RNAs: biological functions and applications. Cell Biochem Function 33, 14-22. Sengar GS, Deb R, Singh U et al. (2018) Identification of differentially expressed microRNAs in Sahiwal (Bos indicus) breed of cattle during thermal stress. Cell Stress Chaperones 23,1019-1032. Slezak-Prochazka I, Durmus S, Kroesen BJ, van den Berg, A (2010) MicroRNAs, macrocontrol: regulation of miRNA processing. RNA 16, 1087-1095. Wang XP, Luoreng ZM, Zan LS et al. (2017) Bovine miR-146a regulates inflammatory cytokines of bovine mammary epithelial cells via targeting the TRAF6 gene. J Dairy Sci 100, 7648-7658. Wu J, Li L, Sun Y et al. (2015) Altered molecular expression of the TLR4/NF-κB signaling pathway in mammary tissue of Chinese Holstein cattle with mastitis. PloS One 10, 1-16. Yang G, Yang X (2010) Smad4-mediated TGF-β signaling in tumorigenesis. International J Biol Sci 6, 1-8. | ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 722 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 777 |