
تعداد نشریات | 26 |
تعداد شمارهها | 447 |
تعداد مقالات | 4,557 |
تعداد مشاهده مقاله | 5,380,005 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 3,580,079 |
بررسی کارآیی نشانگرهای مولکولی در ارزیابی تنوع ژنتیکی کلونهای مختلف چای ایران | ||
مجله بیوتکنولوژی کشاورزی | ||
مقاله 5، دوره 11، شماره 2، شهریور 1398، صفحه 79-100 اصل مقاله (611.31 K) | ||
نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22103/jab.2019.13662.1120 | ||
نویسندگان | ||
مجتبی کردرستمی* 1؛ مهدی رحیمی2؛ صنم صفائی چائیکار3؛ علی سراجی3؛ رضا آزادی4 | ||
1دانشآموخته دکتری، باشگاه پژوهشگران جوان و نخبگان، واحد اراک، دانشگاه آزاد اسلامی، اراک، ایران. | ||
2گروه بیوتکنولوژی، پژوهشکده علوم محیطی، پژوهشگاه علوم و تکنولوژی پیشرفته و علوم محیطی، دانشگاه تحصیلات تکمیلی صنعتی و فناوری پیشرفته، کرمان | ||
3استادیار، پژوهشکده چای، موسسه تحقیقات علوم باغبانی، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، لاهیجان، ایران | ||
4استادیار، پژوهشکده چای، موسسه تحقیقات علوم باغبانی، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، لاهیجان، ایران. | ||
چکیده | ||
هدف: تنوع ژنتیکی 20 کلون چای جمعآوری شده از سازمان تحقیقات چای کشور، با استفاده از 20 نشانگر ریزماهواره و 10 نشانگر RAPD مورد ارزیابی قرار گرفت. مواد و روشها: مواد گیاهی در این آزمایش 20 کلون چای انتخابی در موسسه تحقیقات چای کشور بود. استخراج DNA از نمونههای برگ جوان کلونهای چای با استفاده از روش CTAB با اندکی تغییرات انجام گرفت. نتایج: نتایج نشان داد که نشانگرهای ریزماهواره و RAPD به ترتیب تعداد 105 و 160 نوار چندشکل تولید کردند. از میان نشانگرهای ریزماهواره، آغازگر MSE0143 با 9 باند و آغازگر MSG0681 با 8 باند بیشترین و آغازگر MSG0610 با 2 باند، کمترین تعداد قطعات تکثیرشده را ایجاد کردند. نشانگرهای MSG0681، MSE0113، MSG0403 با دارا بودن بیشترین میزان تعداد آلل مشاهده شده، آلل مؤثر، شاخص تنوع ژنی نئی، شاخص شانون و میزان اطلاعات چند شکلی در این مطالعه به عنوان مؤثرترین نشانگرهای ریزماهواره جهت تجزیه تنوع ژنتیکی در کلونهای مطالعه شده شناسایی شدند. از میان نشانگرهای RAPD، آغازگر OS-03 با تعداد 19 باند، بیشترین تعداد باند و آغازگر OR-12 با تعداد 13 باند کمترین تعداد باند را تولید کردند. نتیجهگیری: با مقایسه میانگین میزان اطلاعات چند شکل (PIC) دو سیستم نشانگری مشخص شد که نشانگرهای ریزماهواره نسبت به RAPD کارایی بیشتری دارند. به عنوان مثال، میانگین مقدار PIC برای نشانگرهای SSR 66/0 در سراسر کلونهای چای اندازهگیری شد. با مقایسه شاخصهای QND و EMI مشخص شد که نشانگرهای ریزماهواره نسبت به نشانگرهای RAPD برتر هستند. همچنین با مقایسه نتایج تجزیه خوشهای دو نشانگر تعیین گردید که نشانگرهای ریزماهواره بهتر قادر بودند تا کلونها را بر اساس منشا جغرافیاییشان طبقهبندی کنند. | ||
کلیدواژهها | ||
چای؛ نشانگرهای ریزماهواره؛ کارآیی نشانگر؛ محتوای اطلاعات چندشکلی؛ RAPD | ||
مراجع | ||
Ahuja P, Gulati A, Singh R et al. (2013) Science of Tea Technology. Scientific Publishers. Baraket G, Chatti K, Saddoud O et al. (2011) Comparative assessment of SSR and AFLP markers for evaluation of genetic diversity and conservation of fig, Ficus carica L., genetic resources in Tunisia. Plant Mol Biol Rep 29, 171-184. Bhardwaj P, Sharma R, Kumar R et al. (2014) SSR marker based DNA fingerprinting and diversity assessment in superior tea germplasm cultivated in Western Himalaya. In: Proc Indian Natn Sci Acad. pp. 157-162. Boonerjee S, Islam MN, Hoque M et al. (2013) Genetic diversity analysis of eighteen tea (Camellia sinensis L.) clones of Bangladesh through RAPD. Plant Tissue Cult Biotechnol 23, 189-199. Chen L, Yamaguchi S (2002) Genetic diversity and phylogeny of tea plant (Camellia sinensis) and its related species and varieties in the section Thea genus Camellia determined by randomly amplified polymorphic DNA analysis. J Hortic Sci Biotechnol 77, 729-732. Cregan P, Schaap T (2010) Application of DNA Markers for Identification and Breeding of Perennial Fruit Crops I. Plant Breed Rev 76, 195. Hartl DL, Clark AG, Clark AG (1997) Principles of population genetics. Sinauer associates Sunderland. Heidari S, Marashi H, Farsi M et al. (2009) Assessment of genetic structure and variation of native Berberis populations of Khorasan provinces (Iran) using AFLP markers versus morphological markers. Iran J Biotechnol 7, 101-107. Kaundun SS, Zhyvoloup A, Park Y-G (2000) Evaluation of the genetic diversity among elite tea (Camellia sinensis var. sinensis) accessions using RAPD markers. Euphytica 115, 7-16. Kordrostami M, Rabiei B, Kumleh H (2016) Association analysis, genetic diversity and haplotyping of rice plants under salt stress using SSR markers linked to SalTol and morpho-physiological characteristics. Plant Syst Evol 302, 871-890. Lai J-A, Yang W-C, Hsiao J-Y (2001) An assessment of genetic relationships in cultivated tea clones and native wild tea in Taiwan using RAPD and ISSR markers. Bot Bul Acad Sin 42, 93-100. Lynch M, Walsh B (1998) Genetics and analysis of quantitative traits. Sinauer Sunderland, MA: : Sinauer Associates, Inc., 1998. Pp. Melchinger A (1999) Genetic diversity and heterosis. The genetics and exploitation of heterosis in crops. Crop Sci Soc Am, Madison, 99-118. Naghavi MR, Qarayazi B, Hosseini Salekdeh Q (2009) Molecular markers. Tehran University Press. Nei M (1973) Analysis of gene diversity in subdivided populations. Proc Natl Acad Sci 70, 3321-3323. Nili A, Rabiei B, Allahgholipour M et al. (2017) Assessing molecular diversity and genetic relationships among rice (Oryza sativa L.) varieties. Cereal Res 7, 33-50. Poehlman JM (2013) Breeding field crops. Springer Science & Business Media. Powell W, Morgante M, Andre C et al. (1996) The comparison of RFLP, RAPD, AFLP and SSR (microsatellite) markers for germplasm analysis. Mol Breed 2, 225-238. Quartz (2016) Annual per capita tea consumption worldwide as of 2016, by leading countries (in pounds). In Statista - The Statistics Portal. Rezaee E, Mirlohi M, Hassanzadeh A et al. (2016) Factors affecting tea consumption pattern in an urban society in Isfahan, Iran. J Educ Health Promot 5, 1-5. Roy S, Chakraborty B (2009) Genetic diversity and relationships among tea (Camellia sinensis) cultivars as revealed by RAPD and ISSR based fingerprinting. Indian J Biotechnol 8, 370-376. Shannon CE (2001) A mathematical theory of communication. ACM SIGMOBILE Mob Comput Commun Rev 5, 3-55. Sivapalan P, Kulasegaram S, Kathiravetpillai A (1986) Handbook on tea. Tea Research Institute of Sri Lanka. Tan L-Q, Peng M, Xu L-Y et al. (2015) Fingerprinting 128 Chinese clonal tea cultivars using SSR markers provides new insights into their pedigree relationships. Tree Genet Genomes 11, 90. Taniguchi I (2014) Development of Genomic Resources and Core Collections of Germplasm for Tea Breeding University of Tsukuba. Varshney RK, Chabane K, Hendre PS et al. (2007) Comparative assessment of EST-SSR, EST-SNP and AFLP markers for evaluation of genetic diversity and conservation of genetic resources using wild, cultivated and elite barleys. Plant Sci 173, 638-649. Wachira FN, Kamunya S, Karori S et al. (2013) The tea plants: botanical aspects. In: Tea in health and disease prevention. Elsevier. pp. 3-17. Wang RJ, Gao XF, Kong XR et al. (2016) An efficient identification strategy of clonal tea cultivars using long-core motif SSR markers. Springer Plus 5, 1152. Weising K, Nybon H, Wolff K et al. (2005) DNA fingerprinting in plants: Principles, Methods, and Applications. Boca Raton: CRC Press, 472 pp. Xu Y (2010) Molecular Plant Breeding., CABI Publishing. Yao M-Z, Ma C-L, Qiao T-T et al. (2012) Diversity distribution and population structure of tea germplasms in China revealed by EST-SSR markers. Tree Genet Genomes 8, 205-220. Zhang DX, Hewitt GM (2003) Nuclear DNA analyses in genetic studies of populations: practice, problems and prospects. Mol Ecol 12, 563-584. Zhang Y, Zhang X, Chen X et al. (2018) Genetic diversity and structure of tea plant in Qinba area in China by three types of molecular markers. Hereditas 155, 22.
| ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 744 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 481 |