
تعداد نشریات | 26 |
تعداد شمارهها | 447 |
تعداد مقالات | 4,557 |
تعداد مشاهده مقاله | 5,379,992 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 3,580,057 |
تجزیه و تحلیل ژنتیکی و فیلوژنتیکی بخشی از ژنوم میتوکندری در گاومیشهای خوزستان | ||
مجله بیوتکنولوژی کشاورزی | ||
مقاله 9، دوره 11، شماره 3، آذر 1398، صفحه 175-190 اصل مقاله (654.78 K) | ||
نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22103/jab.2019.2480 | ||
نویسندگان | ||
سیما ساور* 1؛ حمیدرضا سیدآبادی2؛ سیروس عیدی وندی3؛ ایمان حرسی4 | ||
1موسسه تحقیقات علوم دام کشور | ||
2موسسه تحقیقات علوم دامی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران | ||
3گروه علوم دامی دانشگاه آزاد اسلامی، واحد بهبهان، بهبهان، ایران | ||
4فارغ التحصیل مقطع کارشناسی ارشد، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد بهبهان، بهبهان، ایران | ||
چکیده | ||
هدف: مطالعه مولکولی ساختار ژنتیکی گاومیش برای شناخت دقیقتر خاستگاه این حیوان میتواند موثر باشد. در بین نشانگرهای مولکولی، توالییابی ژنوم میتوکندری یکی از بهترین و رایجترین روشها برای طبقهبندی ژنتیکی جمعیتها و گونههای نزدیک به هم، بررسی امکان اشتقاق گونههای مختلف از یک جد مشترک، مطالعه رابطه فیلوژنی هر موجود با سایر گونهها و نژادها و دستیابی به راهکارهایی برای حفظ ذخایر ژنتیکی میباشد. هدف از این تحقیق تعیین توالی نواحی 12s rRNA و 16s rRNA ژنوم میتوکندری گاومیش خوزستان و تجزیه و تحلیل ژنتیکی و فیلوژنتیکی بخشی از آن بود. مواد و روشها: برای انجام این تحقیق تعداد 30 عدد نمونه خون از هر دو جنس از گاومیشهای غیرخویشاوند جمعآوری شد. پس از استخراج DNA از آنها، ناحیه مورد نظر توسط پرایمرهای اختصاصی با تکنیک PCR تکثیر و پس از خالصسازی توالییابی شدند. نتایج: نتایج حاصل از همردیف کردن توالیهای نواحی 12srRNA و 16srRNA گاومیش خوزستان نشان داد که هیچگونه جهشی در جمعیت مذکور وجود ندارد که این امر بیانگر سطح تنوع پایین در جمعیت گاومیش خوزستان میباشد. براساس این تحقیق، نواحی 12srRNA و 16srRNA ناحیه کد کننده میباشد و میزان جهش و تنوع در آن پایین است. نتایج آزمون فیلوژنتیکی با استفاده از UPGMA برای هر دو جایگاه نشان داد که گاومیشهای ایران با گاومیشهای هندی و ایتالیایی در یک خوشه و نزدیک به هم میباشند. نتیجهگیری: توالی حاصل از این مناطق برای اولین بار در بانک ژن با کد دسترسی MG650115 ثبت شد و با اضافه شدن نام گاومیش خوزستان در بانک جهانی ژن، این نژاد به انجمنهای بینالمللی معرفی شد. | ||
کلیدواژهها | ||
تعیین توالی؛ ژنوم میتوکندری؛ گاومیش خوزستان؛ نواحی12s rRNA و 16s rRNA | ||
مراجع | ||
منابع بهاری زاده مریم، واعظ ترشیزی رسول (1390) بررسی عوامل محیطی موثر بر صفات مهم تولیدی گاومیش های ایران. پژوهشهای علوم دامی 21 (1)، 127-138. خراتی کوپایی حامد، محمدآبادی محمدرضا، ترنگ علیرضا و همکاران (1391) بررسی ارتباط بین تغییرات آلل ژن DGAT1 با ورم پستان در گاوهای هولشتاین ایران. مجله ژنتیک نوین 7 (1)، 104-101. خراتی کوپایی حامد، محمدآبادی محمدرضا، انصاری مهیاری سعید و همکاران (1390) تغییرات ژنتیکی ژنDGAT1 و ارتباط آن با تولید شیر در جمعیت گاو هلشتاین ایران. مجله علمی پژوهشی ایران 3 (2)، 185-192. محمدی اکرم، محمدآبادی محمدرضا، میرزایی حمیدرضا و همکاران (1386) مطالعه ژن کاپاکازئین گاوهای بومی و هلشتاین در استان کرمان با استفاده از روش PCR_RFLP. مجله علوم کشاورزی و منابع طبیعی 16، 125-132. علینقیزاده روح الله، محمدآبادی محمدرضا، زکیزاده سونیا (1389) چندشکلی اگزون 2 ژن BMP15 در بز قرمز جبال بارز. مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 2 (1)، 69-80. واجد ابراهیمی محمدتقی، محمدآبادی محمدرضا، اسماعیلی کشکوئیه علی (1394) بررسی تنوع ژنتیکی پنج جمعیت گوسفند ایرانی با استفاده از نشانگرهای ریز ماهوارهای. مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 7 (4)، 143-158. هادیزاده مرتضی، محمدآبادی محمدرضا، اسماعیلی زاده علی و همکاران (1393) تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک از اگزون 2 ژن BMP15 در بزهای تالی و بیتال. مجله ژنتیک نوین 9 (1)، 117-120.
هادیزاده مرتضی، محمدآبادی محمدرضا، نیازی علی و همکاران (1392) استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیک برای مطالعه اگزون شماره 2 ژن GDF9 در بزهای تالی و بیتال. مجله ژنتیکی نوین 8 (3)، 283-288.
References
Alinaghizadeh H, Mohammad Abadi MR, Zakizadeh S (2010) Exon 2 of BMP15 gene polymorphismin Jabal Barez Red Goat. Agric Biotechnol J 2, 69-80 (In Persian).
Baharizadeh M, VAez Torshizi R (2011) Investigation of environmental effects on production traits in Iranian buffalo. Anim Sci Res 21,127-138 (In Persian).
Dalmasso A, Fontanella E, Piatti P et al. (2004) A multiplex PCR assay for the identification of animal species in feedstuffs. Mol Cell Probe 18, 81–87.
Denver DR, Morris K, Lynch M et al. (2000) High direct estimate of the mutation rate in the mitochondrial genome of Caenorhabditis elegans. Sci 289, 23-42.
Ghovvati S, Nassiri MR, Mirhoseini SZ et al. (2008) Fraud identification in industrial meat products by multiplex PCR assay. Food Control 20, 696-699.
Guha S, Goyal SP, Kashyap VK (2006) Genomic variation in the mitochondrially encoded cytochorome b and 12s RNA genes. Characterization of eight endsngered pecorn species. Anim Genet 37, 262-265.
Hadizadeh M, Mohammadabadi MR, Niazi A et al. (2013) Use of bioinformatics tools to study exon 2 of GDF9 gene in Tali and Beetal goats. Modern Genet J 8, 283-288 (In Persian).
Hadizadeh M, Niazi A, Mohammad Abadi M et al. (2014). Bioinformatics analysis of the BMP15 exon 2 in Tali and Beetal goats. Modern Genet J 9, 117-120 (In Persian).
Hiendleder S, Lewalski H, Wassmuth R et al. (1998) The complete mitochondrial DNA sequence of the domestic sheep (Ovis aries) and comparison with the other major ovine haplotype. Mol Bio Evol 47, 441-448.
Kharrati Koopaei H, Mohammad Abadi MR, Ansari Mehyari S et al. (2012) Effect of DGAT1 variants on milk composition traits in Iranian Holstein cattle population. Anim Sci Papers Report 30, 231-240.
Kharrati Koopaei H, Mohammadabadi MR, Ansari Mehyari S et al. (2011) Genetic Variation of DGAT1 Gene and its Association with Milk Production in Iranian Holstein Cattle Breed Population. Iran J Anim Sci Res 3, 185-192 (In Persian).
Kharrati koopaei H, Mohammadabadi MR, Tarang A et al. (2012) Study of the association between the allelic variations in DGAT1 gene with mastitis in Iranian Holstein cattle. Modern Genet J 7, 101-104 (In Persian).
Khodabakhshzadeh R, Mohammadabadi MR, Esmailizadeh Koshkoieh A et al. (2016b) Identification of point mutations in exon 2 of GDF9 gene in Kermani sheep. Polish J Vet Sci 19, 281–289.
Lalitha S (2000) Primer premier 5. Biotech Software & Internet Report: The Com Software J Sci 1, 270-272.
Manea BG, Mendirattaa SK, Tiwarib AK et al. (2013) Sequence analysis of mitochondrial 16S rRNA gene to identify meat species. J Appl Anim Res 41, 7781.
Miller SA, Dykes DD, Polesky HF (1998) A Simple salting out pro cedure for extraction of DNA from human nucleated cell. Nucl Acid Res 16, 12-15.
Mohammadabadi MR (2017) Role of clostridium perfringens in pathogenicity of some domestic animals. J Adv Agri 7, 1117-1121.
Mohammadabadi MR, Esfandyarpoor E, Mousapour A (2017) Using Inter Simple Sequence Repeat Multi-Loci Markers for Studying Genetic Diversity in Kermani Sheep J Res Dev 5, 154-157.
Mohammadi A, Mohammadabadi MR, Mirzaei H et al. (2009) Study of Kappa Casein gene of local and Holstein dairy cattle in Kerman province using PCR-RFLP method. J Agri Sci Nat Res 16, 125-132 (In Persian).
Moioli B (2005) Breeding and selection of dairy buffalo. FAO press. Italy.
Nagarajan M, Nimisha K, Kumar S (2015) Mitochondrial DNA Variability of Domestic River Buffalo (Bubalus bubalis) Populations: Genetic Evidence for Domestication of River Buffalo in Indian Subcontinent. Gen Bio Evol Adv Acce pub 1-18.
Ramadan H (2011) Sequence of specific mitochondrial 16S rRNA gene fragment from Egyptian buffalo is used as a pattern for discrimination between river buffaloes, cattle, sheep and goats. Mol Biol Rep 38, 3929–3934.
Ramadan HAI, Mahfoz I (2008) Phylogenetic analysis and comparison between cow and buffalo (including Egyptian buffaloes) mitochondrial displacement-loop regions. Mitochondrial DNA 19, 401–410.
Vajed Ebrahimi MT, Mohammad Abadi MR, Esmailizadeh AK (2016) Analysis of genetic diversity in five Iranian sheep population using microsatellites markers. J Agri Biotech 7, 143-158 (In Persian).
Vajed Ebrahimi MT, Mohammad Abadi MR, Esmailizadeh AK (2017) Using microsatellite markers to analyze genetic diversity in 14 sheep types in Iran. Arch Anim Breed 60, 183-189.
Zamani P, Akhondi M, Mohammadabadi MR (2015) Associations of Inter-Simple Sequence Repeat loci with predicted breeding values of body weight in sheep. Small Rum Res 132, 123-127. | ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 481 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 317 |