
تعداد نشریات | 26 |
تعداد شمارهها | 447 |
تعداد مقالات | 4,557 |
تعداد مشاهده مقاله | 5,380,005 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 3,580,078 |
ارزیابی تنوع ژنتیکی و تعیین ساختار جمعیت ژنوتیپهای عدس با استفاده از نشانگر ریزماهواره | ||
مجله بیوتکنولوژی کشاورزی | ||
مقاله 3، دوره 12، شماره 1، اردیبهشت 1399، صفحه 45-62 اصل مقاله (1.25 M) | ||
نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22103/jab.2020.13507.1114 | ||
نویسندگان | ||
جواد سرومیلی1؛ عباس سعیدی* 2؛ ناصر فرخی3؛ معصومه پوراسماعیل4؛ رضا طالبی | ||
1گروه علوم و بیوتکنولوژیگیاهی، دانشکدهی علوم و فناوریزیستی، دانشگاه شهید بهشتی تهران | ||
2استاد بیوتکنولوژی گیاهی، دانشکده علوم و فناوری زیستی، دانشگاه شهید بهشتی، تهران، ایران. | ||
3سرپرست گروه پژوهشی زیست فناوری | ||
4استادیار پژوهش، بخش تحقیقات ژنتیک و بانک ژن گیاهی ملی ایران، موسسه تحقیقات اصلاح و تهیه نهال و بذر، سازمان تحقیقات آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران ایمیل: m.pouresmael@areeo.ac.ir | ||
چکیده | ||
چکیده هدف: عدس (Lens culinaris) سومین لگوم دانهای مهم در دنیا بعد از نخود و نخود فرنگی میباشد. این مطالعه با اهداف (1) تعیین تنوع ژنتیکی و ساختار تغییرات مولکولی ژنوتیپها و (2) شناسایی روابط بین ژنوتیپها برای نگهداری، مدیریت و استفاده از این ژنوتیپها در برنامههای بهنژادی محصولات زراعی انجام شد. مواد و روشها: DNA ژنومی کل از برگهای از هر ژنوتیپ با استفاده از پروتکل CTAB استخراج شد. پس از استخراج DNA ، نمونههای DNA با استفاده از واکنش زنجیرهای پلیمراز (PCR) تکثیر شدند. ارزیابی تنوع ژنتیکی 90 ژنوتیپ عدس با استفاده از 30 نشانگر SSR انجام شد. نتایج: در مجموع 145 آلل چندشکل با میانگین 83/4 آلل به ازای هر جفت آغازگر تکثیر شد. بالاترین تعداد آلل به نشانگر SSR80 با 8 آلل و کمترین آن به SSR96، SSR204،215SSR و SSR233 نشانگر با 3 آلل اختصاص داشت. میزان اطلاعات چندشکلی برای نشانگرها بین 83/0 تا 35/0 با میانگین 63/0 بود. بیشترین و کمترین میزان محتوای اطلاعات چندشکلی به نشانگر SSR80 و نشانگر SSR28 به ترتیب تعلق داشت. مقدار شاخص شانون از 94/1 (برای نشانگرSSR80 ) تا 829/0 (برای نشانگر SSR48) متغیر بود. هتروزیگوسیتی مورد انتظار در ژنوتیپها دامنهای از 845/0 (SSR80) و کمترین آن 422/0 (SSR48) مشاهده شد. میانگین این شاخص 643/0 به دست آمد. تجزیه خوشهای با روش مبتنی بر فاصله Neihbour-Joining و تجزیه ساختار جمعیت با روش مبتنی بر مدل Bayesian انجام شد. بهترین تعداد زیر جمعیت 3 عدد شناسایی شد، که در زیرجمعیتها افرد بر اساس مناطق جغرافیایی از یکدیگر تفکیک نشدند. نتیجهگیری: ﻧﺘﺎﯾﺞ این ﻣﻄﺎﻟﻌﻪ ﻧﺸﺎن داد ﮐﻪ نشانگر SSR ﮐﺎراﯾﯽ ﺑﺎﻻﯾﯽ برای ارزیابی ژنوتیپهای مختلف دارد. این نشانگر ﺗﻮاﻧﺴت ﺗﻤﺎﻣﯽ ژﻧﻮﺗﯿﭗﻫﺎ را ﺑﻪ ﺧﻮﺑﯽ از ﻫﻢ تفکیک ﮐﻨﻨﺪ. | ||
کلیدواژهها | ||
تجزیهی خوشهای؛ ساختار جمعیت؛ عدس؛ محتوای اطلاعات چندشکلی؛ نشانگرSSR | ||
مراجع | ||
لاهوت فرزان، زین العابدینی مهرشاد، کریمی جابر، شهبازی مریم، صادق زاده بهزاد، (1395) ارزیابی تنوع ژنتیکی ژنوتیپهای ایرانی و غیر ایرانی جو با استفاده از نشانگرهای SSR. مجله زیست فناوری گیاهان زراعی 6 (15)، 25-35.
Reference
Anderson A, Churchill GA, Autrique JE et al. (1993) Optimizing parental selection for genetic linkage maps. Genome 36,181-186.
Das B, Sengupta S, Parida SK et al. (2013) Genetic diversity and population structure of rice landraces from Eastern and North Eastern States of India. BMC Genet 71, 1-14.
Datta S, Kaashyap M, Gupta P (2015) Development of EST derived microsatellite markers in chickpea and their validation in diversity analysis. Indian J Biotechnol 14, 55-58.
Dikshit HK, Singh A, Singh D et al. (2015) Genetic diversity in Lens species revealed by EST and genomic simple sequence repeat analysis. PloS One 18, e0138101.
FAOSTAT, 2011 Agricultural Data on Primary Crops, FAO.
Ghaffari P, Talebi R, Keshavarz F (2014) Genetic diversity and geographical differentiation of Iranian landrace, cultivars and exotic chickpea lines as revealed by morphological and microsatellite markers. Physiol Mol Biol Plant 20, 225–233.
Hajibarat Z, Saidi A, Hajibarat Z, Talebi R (2014) Genetic diversity and population structu analysis of landrace and improved chickpea (Cicer arietinum) genotypes using morphological and microsatellite markers. Environ Exp Bot 12, 161-166.
Hajibarat Z, Saidi A, Hajibarat Z, Talebi R (2015) Characterization of genetic diversity in chickpea using SSR markers, start codon targeted polymorphism (SCoT) and conserved DNA-derived polymorphism (CDDP). Physiol Mol Biol Plant 21, 365-373.
Jannatabadi AA, Talebi R, Armin M et al. (2014) Genetic diversity of Iranian landrace chickpea (Cicer arietinum L.) accessions from different geographical origins as revealed by morphological and sequence tagged microsatellite markers. J Plant Biochem Biotechnol 23, 225-229.
Jin LI, Jian-Ping GU, Dong-Xu XU et al. (2008) Genetic diversity and population structure in lentil (Lens culinaris Medik.) germplasm detected by SSR markers. Acta Agronomica Sinica 34, 1901-1909.
Idrissi O, Udupa SM, Houasli C et al. (2015) Genetic diversity analysis of Moroccan lentil (Lens culinaris Medik.) landraces using Simple Sequence Repeat and Amplified Fragment Length Polymorphisms reveals functional adaptation towards agro‐environmental origins. Plant Breed 134, 322-332.
Khaidizar MI, Haliloglu K, Elkoca E et al. (2012) Genetic diversity of common bean (Phaseolus vulgaris L.) landraces grown in northeast Anatolia of Turkey assessed with simple sequence repeat markers. Turk J Field Crops 17,145-150.
Khazaei H, Caron CT, Fedoruk M et al. (2016) Genetic diversity of cultivated lentil (Lens culinaris Medik.) and its relation to the World's agro-ecological zones. Front Plant Sci 7, 1-7.
Kumar S, Rajendran K, Kumar J et al. (2015) Current knowledge in lentil genomics and its application for crop improvement. Front Plant Sci 6, 1-13.
Lahoot F, Zeinolabedini M, Karimi J et al. (2016) Assessment of genetic diversity of Iranian and non-Iranian barely genotypes (Hordeum Vulgare L.) using SSR markers. Crop Biotech 6, 25-30 (In Persian).
Lombardi M, Materne M, Cogan NO et al. (2014) Assessment of genetic variation within a global collection of lentil (Lens culinaris Medik.) cultivars and landraces using SNP markers. BMC genet 15, 1-10.
Parida SK, Kumar KA, Dalal V et al. (2006) Unigene derived microsatellite markers for the cereal genomes. Theor appl genet 112, 808-817.
Pritchard JK, Stephens M, Donnelly P (2000) Inference of population structure using multilocus genotype data. Genet 155, 945-959.
Reddy MRK, Rathour R, Kumar N et al. (2010) Cross-genera legume SSR markers for analysis of genetic diversity in Lens species. Plant Breed 129, 514–518.
Saeed A, Hovsepyan H, Darvishzadeh R et al. (2011) Genetic diversity of Iranian accessions, improved lines of chickpea (Cicer arietinum L.) and their wild relatives by using simple sequence repeats. Plant Mol Biol Rep 29, 848-858.
Saghai-Maroof MA, Soliman KM, Jorgensen, RA Allard RW (1984). Ribosomal DNA spacer-length polymorphisms in barley: Mendelian inheritance, chromosomal location and population dymnamics. Proc Natl Acad Sci 81, 8014-8018.
Saidi A, Eghbalnegad Y, Hajibarat Z (2017). Study of genetic diversity in local rose varieties (Rosa spp.) using molecular markers. Banats J Biotechnol 8, 148-157.
Sonnante G, Pignone D (2001). Assessment of genetic variation in a collection of lentil using molecular tools. Euphytica 120, 301-307.
Verma P, Sharma TR, Srivastava PS et al. (2014) Exploring genetic variability within lentil (Lens culinaris Medik.) and across related legumes using a newly developed set of microsatellite markers. Mol biol Rep 41, 5607-5625.
Yeh FC, Boyle T (1997). POPGENE version 1.2, Microsoft Windows-based software for population genetics analysis. University of Alberta, Alberta, Canada. pp. 180-189.
Zhou G, Chen Y, Yao W et al. (2012) Genetic composition of yield heterosis in an elite rice hybrid. Proc Natl Acad Sci 109, 15847-15852. | ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 715 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 611 |