
تعداد نشریات | 26 |
تعداد شمارهها | 447 |
تعداد مقالات | 4,557 |
تعداد مشاهده مقاله | 5,379,991 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 3,580,057 |
تجزیه و تحلیل ژنتیکی ناحیه 12S rRNA شترهای تککوهانه و دوکوهانه ایران | ||
مجله بیوتکنولوژی کشاورزی | ||
مقاله 10، دوره 12، شماره 2، شهریور 1399، صفحه 209-223 اصل مقاله (1.17 M) | ||
نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22103/jab.2020.16089.1246 | ||
نویسندگان | ||
آزاده ترابی* 1؛ زهرا رودباری2؛ مجتبی طهمورث پور3 | ||
1استادیار، گروه کشاورزی، دانشگاه پیام نور، | ||
2عضو هیات علمی دانشگاه جیرفت | ||
3دانشگاه فردوسی مشهد | ||
چکیده | ||
هدف: دانشمندان علوم دامی در سرتاسر جهان در پی یافتن منابع جدیدی از پروتئین حیوانی بوده و تلاش میکنند تا حیواناتی که بهترین ضریب تبدیل را دارند در اولویت کاری خود قرار دهند. از جمله این دامها میتوان به شتر اشاره کرد. تحقیقات جهت حفظ این ذخیره ژنتیکی با ارزش از حساسیت و اهمیت بیشتری برخوردار است. شناسایی تفاوتهای ژنتیکی در توالی ژنهای موجود در ژنوم میتوکندری با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیک، روشی سریع و قابل اطمینان برای شناسایی و طبقه بندی گونهها است و یکی از مؤثرترین ابزارها در برآورد تنوع زیستی ژنتیکی و روابط فیلوژنتیک در نژادهای مختلف دام از جمله شتر محسوب میشود. هدف از انجام این پژوهش توالییابی و مقایسه ساختار ژنتیکی ژن RNA غیر کدکننده زیر واحد کوچک ریبوزوم در شترهای تککوهانه و دوکوهانه ایران بود. مواد و روشها: برای انجام این پژوهش از 20 نفر شتر تککوهانه و دوکوهانه ایرانی نمونه خون جمعآوری شد. پس از استخراج DNA ژن 12S rRNA با طول 1326 جفت باز در ژنوم میتوکندری توسط دو جفت آغازگر اختصاصی تکثیر و توالییابی شدند. نتایج: وجود 3 هاپلوتایپ در شترهای دوکوهانه و 1 هاپلوتایپ در شترهای تککوهانه در جمعیت مورد پژوهش ثابت شد که این هاپلوتایپها به ترتیب دارای دو جایگاه چند شکل (SNP) در شتر دو کوهانه است و در بین شترهای تککوهانه هیچ تفاوت نوکلئوتیدی مشاهده نشد. درخت فیلوژنی پس از اخذ توالیهای مشابه ژن 12S rRNA میتوکندری دیگر گونههای موجود در بانک جهانی ژن با استفاده از آنها ترسیم شد. نتیجهگیری: نتایج تجزیه و تحلیل فیلوژنی و تنوع ژنتیکی نشان داد گونههای شتر تککوهانه و دوکوهانه در دو گروه متفاوت قرار دارند و شترهای دوکوهانه ایرانی تنوع ژنتیکی بالاتری دارند که نشان از قدمت تکاملی طولانیتر این گونه دارد. اطلاعات در مورد تنوع ژنتیکی در میان نژادهای شتر میتواند توسعه برنامههای اصلاح نژاد را تسهیل کند و یک الزام برای حفظ منابع ژنتیکی است. | ||
کلیدواژهها | ||
DNA میتوکندری؛ تنوع ژنتیکی؛ ژن 12S rRNA | ||
مراجع | ||
رودباری زهرا، نصیری خدیجه (1398) بررسی تنوع ژنتیکی و اثر انتخاب ژن های RNA ریبوزومی و ناقل در ژنوم میتوکندری شترهای تک کوهانه و دو کوهانه. فصلنامه محیط زیست جانوری 11 (1)، 110-105. شهابی امین، طهمورث پور مجتبی (1394) تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی و فیلوژنتیکی ژن های NADH3 وNADH4L ژنوم میتوکندری شتر دو کوهانه ایران. مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 7 (3) 174-163. صمدیان فرهاد، دارفرین هوشنگ، قادری زفرهای مصطفی، ترابی آزاده، شریعت مریم (1398) آنالیز فیلوژنتیکی ناحیه سیتوکرومB ژنوم میتوکندری چند نژاد بز بومی ایران. مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 11 (4)، 34-19. قاسمی میمندی مهرداد، محمدآبادی محمدرضا، اسمعیلی زاده کشکوئیه علی، منتظری مهدیه (1395) بررسی انتساب افراد به جمعیتهایی از شترهای شمال استان کرمان با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره. فصلنامه علمی ژنتیک نوین 11 (3)، 335-329. قاسمی مهرداد، محمدآبادی محمدرضا، اسمعیلی زاده علی (1394) تنوع ژنتیکی شترهای شمال استان کرمان با استفاده از نشانگرهای ریز ماهواره. مجله تحقیقات تولیدات دامی 4 (1)، 45-35. قاسمی میمندی مهرداد، محمدآبادی محمدرضا، منتظری مهدیه (1395) ارزیابی ساختار ژنتیکی شتر با استفاده از روش های PCA و خوشه بندی سلسله مراتبی. مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 8 (3)، 96-83. محمدآبادی محمدرضا، قاسمی میمندی مهرداد، منتظری مهدیه (1397) بررسی تنوع ژنتیکی شترهای بومی شمال استان کرمان با استفاده از آمارهF. نشریه اصلاح و بهنژادی دام 1(2)، 13-1. هدایت ایوریق نعمت، واحدی وحید، سیدشریفی رضا، آزاده بوستان (1395) توالی یابی و شناسایی چندشکلی های تک نوکلئوتیدی بخشی از ژن میوستاتین در شترهای تک کوهانه و دوکوهانه. مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 8 (3) 135-120. همتی بهزاد، بناءبازی محمدحسین، شاه کرمی سعید، مهندسان المیرا، برگر پاملا (1396) بررسی تنوع ژنتیکی در میان شترهای دو کوهانه استان اردبیل. پژوهشهای تولیدات دامی، ۸ (۱۶)197-192. References
Al-Swailem AM, Al-Busadah KA, Shehata M et al. (2007) Classification of Saudi Arabian camel (Camelus dromedarius) subtypes based on RAPD technique. J Food Agric Environ 5, 143–148.
Al Ghumlas AK, Abdel Gader AG, Hussein MF, Al Haidary A, White JG (2008) Effects of heat on camel platelet structure and function-a comparative study with humans. Platelets 19, 163-71.
Barazandeh A, Mohammadabadi MR, Ghaderi M, Nezamabadipour H (2016) Genome-wide analysis of CpG islands in some livestock genomes and their relationship with genomic features. Czech J Anim Sci 61, 487.
Barazandeh A, Mohammadabadi MR, Ghaderi-Zefrehei M, Rafeied F, Imumorin IG (2019) Whole genome comparative analysis of CpG islands in camelid and other mammalian genomes. Mamm Biol 98, 73-79.
Bellagamba F, Moretti V, Comincini S, Valfare F (2001) Identification of species in animal Feedstuffs by polymerase chain reaction restriction fragment length polymorphism analysis of Mitochondrial DNA. J Agric Food Chem 49, 3775-3781.
Cui P, Ji R, Ding R et al. (2007) A complete mitochondrial genome sequence of the wild two-humped camel (Camelus bactrianus ferus): an evolutionary history of camelidae. BMC Genomics 8, 241.
Eltanany M, Elfaroug O, Sidahmed S, Distl O (2015) Assessment of genetic diversity and differentiation of two major camel ecotypes (Camelus dromedarius) in Sudan using microsatellite markers. Arch Anim Breed 58, 269–275.
Ewing B, Green P (1998) Based-Calling of Automated Sequencer Traces Using Phred.II. Error Probabilities. Genome Res 8, 186-194.
Eyre-walker A, Awadalla P (2001) Does human mtDNA recombine. J Mol Evol 53, 430-435.
Ghasemi Meymandi, Mohammadabadi MR, Esmailizadeh A (2015) Genetic variation of camels in the North of Kerman province using microsatellite markers. Anim Prod Sci 4, 35-45 (In Persian).
Ghasemi Meymandi M, Mohammadabadi MR, Montazeri M (2016) Analysing Genetic Structure of Camelus dromedarius Using PCA and Hierarchical clustering methods. Agric Biotechnol J 3, 83-96 (In Persian).
Ghasemi Meymandi M, Mohammadabadi MR, Esmailizadeh Kashkoieh A, Montazeri M (2016) Investigation of individuals' attribution to populations of camels in the north of Kerman province using microsatellite markers. 3, 329-335 (In Persian).
Hall TA, Carlsbad C (2011) BioEdit: An important software for molecular biology. Chem Pharm Bull Chemical 2, 60-61.
Hemati B, Banabazi MH, Shahkarami S ,Mohandesan E, Burger P (2017) Genetic Diversity within Bactrian Camel Population of Ardebil Province. Anim Prod Sci 8, 192-197 (In Persian).
Hedayat-Evrigh N, Vahedi V, Sharifi SR, Boustan A (2016) Sequencing and identification of single nucleotide polymorphisms of Partial myostatin gene in dromedary and Bactrian camels. Agric Biotechnol J 8, 120-135 (In Persian).
Hoter A, Rizk S, Naim HY (2019) Cellular and Molecular Adaptation of Arabian Camel to Heat Stress.Front Genet 10, 588-599.
Lalitha S (2000) Primer premier 5. Biotech Software & Internet Report: The Computer Software. J. Softw 1, 270-272.
Librado P. Rozas J (2009) DnaSP v5: A software for comprehensive analysis of DNA polymorphism data. J. Bioinform 25, 1451-1452.
McCarthy C (2005). Chromas, pp. Technelysium Pty Ltd
Nei M, Kumar S (2000) Molecular Evolution and Phylogenetics. Oxford University Press, New York.
Samadian F, Darfarin H, Ghaderi zefrehi M, Torabi A, Shariat M (2020) Phylogenetic Analysis of Cytochrome B of Mitochondrial Genome in some Iranian Goat Breeds. Agric Biotechnol J 11, 19-34 (In Persian).
Shahabi A, Tahmorespour M (2015) Bioinformatics and Phylogenetic Analysis of NADH3 and NADH4L mitochondrial genes in Iranian Camelus bactrianus. Agric Biotechnol J 7, 163-174 (In Persian).
Tamura K, Stecher D, Peterson A et al. (2013) MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 6.0. Mol Biol Evol 12, 2725-2729.
Quinta R, Gomes L, Santos ATD (2004). A mitochondrial DNA PCR – RFLP marker for population studies of the black Scabbard fish (Aphanopus carbo). J Mar Sci 61, 864 – 867.
Othman E, Heba AM, El-KaderSally A et al. (2017) Cytochrome b conservation between six camel breeds reared in Egypt. J Gen Eng Biotech 15, 1-6.
Ouajd S, Kamel B (2009) Physiological particularities of dromedary (Camelus dromedarius) and experimental implications. Scand J Lab Anim Sci 36, 19–29.
Rodbari Z, Nasiri, K (2019) Study of Genetic diversity and selection effect on ribosomal RNA and transfer RNA genes in the mitochondrial genome of one humped camel and two-humped camel. J Anim Environ Sci 11, 105-110.
Warda M, Prince A, Kim HK et al. (2014) Proteomics of old world camelid (Camelus dromedarius): Better understanding the interplay between homeostasis and desert environment. J Adv Res 5, 219-42.
Yang L, Tan Z, Wang D et al (2014) Species identification through mitochondrial rRNA genetic analysis. J Sci. Rep 4, 4089
Zhao E, Yu Q, Zhang N, Kong D, Zhao Y (2013) Mitochondrial DNA diversity and the origin of Chinese indigenous sheep. J Tropic Anim Prod 45, 1715-1722. | ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 508 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 285 |