آمار
| تعداد نشریات | 26 |
| تعداد شماره‌ها | 447 |
| تعداد مقالات | 4,557 |
| تعداد مشاهده مقاله | 5,379,972 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 3,580,053 |
شناسایی و توصیف تبارزائی تعدادی از جدایه‌های ایرنی ویروس موزائیک یونجه مبتنی بر ترادف ژن پروتئین حرکتی | ||
| مجله بیوتکنولوژی کشاورزی | ||
| دوره 13، شماره 4، دی 1400، صفحه 81-100 اصل مقاله (1.19 M) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22103/jab.2021.17934.1328 | ||
| نویسندگان | ||
| فرشته علیپور1؛ حسین معصومی* 2؛ جهانگیر حیدرنژاد3؛ اکبر حسینی پور4؛ محمد مداحیان4 | ||
| 1بخش گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان | ||
| 2کرمان، دانشگاه شهید باهنر، دانشکده کشاورزی، بخش گیاهپزشکی | ||
| 3بخش گیاهپزشکی،دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان | ||
| 4گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان | ||
| چکیده | ||
| هدف: ویروس موزائیک یونجه (AMV) یکی از مهم‌ترین ویروس‌های گیاهی در ایران و جهان می‌باشد. هدف از این تحقیق، مطالعۀ تعدادی از جدایه‌های ایرانی این ویروس بر اساس ترادف ژن MP، بررسی موقعیت تبارزائی آن‌ها و مقایسۀ آن با ژن CP می‌باشد. مواد و روش‌ها: طی سال‌های 1393 تا 1396، از مزارع یونجه شش استان کشور (کرمان، هرمزگان، اصفهان، فارس، خوزستان و گلستان) بازدید گردید و از بوته‌های مشکوک (یونجه و علف هرز) نمونه‌گیری شد. جهت بررسی آلودگی نمونه‌ها، از آزمون الایزا و همچنین RT-PCR استفاده گردید. از بین جدایه‌های بررسی شده، 20 جدایه شامل 17 جدایه از گیاه یونجه و سه جدایه از علف‌های‌هرز نام‌های شیرتیغی ( L..Sonchus oleraceus)، سلمه‌تره ( L..Chenopodium amaranticolor) و بارهنگ (Plantago ovate L.)، جهت مطالعه مولکولی انتخاب و به‌دنبال آن موقعیت تاکسونومیکی جدایه‌های این ویروس براساس ژنوم کامل پروتئین حرکتی و همچنین ناحیه‌ای از آن مورد بررسی قرار گرفتند. نتایج: رسم درخت تبارزایی بر اساس طول کامل ژن پروتئین حرکتی ویروس نشان داد که جدایه‌ها در دو گروه I و II قرار می‌گیرند که هر گروه نیز به دو زیر گروهA وB تقسیم می‌شوند. اکثر جدایه‌های ایرانی به تنهایی در گروه II واقع گردیده و تمامی جدایه‌های انتخاب شده از بانک ژن به همراه دو جدایه از ایران با رس شماره‌های KX535456 و KX535454در زیر‌گروه IA قرار گرفتند. اما زیر‌گروه IB نیز منحصر به سه جدایه ایرانی (رس شماره های KX535462، KX535458 و KX535460) است. در حالیکه براساس درخت تبارزایی بخشی از ژن یاد شده (468 نوکلئوتید) اکثر جدایه‌های ایرانی به همراه یک جدایه از اسپانیا (JQ691163) زیر گروه جدیدی را تشکیل دادند. نتیجه‌گیری: یافته‌های حاصل از این تحقیق نشان داد ترادف ژن پروتئین حرکتی برای تعیین روابط تبارزائی جدایه‌های AMV موفق عمل نمود. از آنجائیکه گیاه یونجه بومی خاور نزدیک و آسیای مرکزی است احتمالا این ویروس از تنوع ژنتیکی نسبتا بالائی در ایران برخوردار می‌باشد. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| ویروس موزائیک یونجه؛ الایزای غیرمستقیم؛ پروتئین حرکتی | ||
| مراجع | ||
|
Bergua M, Luis- Artega M, Escriu F (2014) Genetic diversity, reassortment, and recombination in Alfalfa mosaic virus population in Spain. Phytopathol 104 (11), 1241-1250.
Clark MF, Adams SAN (1997) Characteristics of microplates method of enzyme-linked-immunosorbent assay for detection of plant viruses. J Gen Virol 34, 475-483.
Crill P, Hagedorn DJ, Hanson EW (1970). Incidence and effect of AMV on alfalfa. Phytopathol 60, 1432-1435.
Edwardson JR, Christie RG (1997) Virus infecting peppers and others solanaceous crops (volume I). Agricultural Experiment Station, University of Florida.
Garcia-Arenal F, Fraile A, Malpica JM (2001) Variability and genetic structure of plant virus populations. Annu Rev Phytopathol 39, 157-186.
Guyader S, Ducray DG (2002) Sequence analysis of Potato leaf roll virus isolates reveals genetic stability, major evolutionary events and differential selection pressure between overlapping reading frame products. J Gen Virol 83, 1799–1807.
Hall TA (1999) BioEdit: A User-Friendly Biological Sequence Alignment Editor and Analysis Program for Windows 95/98/NT. Nucleic Acids Symp Ser 41, 95-98.
Hull R (1969) Alfalfa mosaic virus. Adv Virus Res 15, 365 – 433.
Jaspars EMJ, Bos JF (1980) Alfalfa Mosaic virus. CMI/ AAB. DPV No. 229.
Kimura M (1980) A simple method for estimating evolutionary rate of base substitutions through comparative studies of nucleic sequences. J Mol Evol 16,111-120.
King AMQ, Adams MJ, Carestens EB, Lefkowitz EJ (2012) Virus taxonomy classification and nomenclature of viruses. Ninth report of international committee on taxonomy of viruses. Elsevier Academic Press. 1327pp.
Li WH (1993) Unbiased estimation of the rates of synonymous and nonsynonymous substitution. J Mol Evol 36, 96–99.
Libardo P, Rozas J (2009) DnaSP V5: a software for comprehensive analysis of DNA polymorphism data. Bioinformatics 25, 1451–1452.
Mangeli F, Massumi H, Alipour F et al. (2019) Molecular and partial biological characterization of the coat protein sequences of Iranian alfalfa mosaic virus isolates. J Plant Pathol 101, 735–742.
Miczynski KA, Hiruki C (1987) Effect of Alfalfa mosaic virus on the yield and regeneration of alfalfa at different growth temperature. Can J Plant Pathol 9, 49- 55.
Muhire BM, Varsani A, Martin DP (2014) SDT: a virus classification tool based on pairwise sequence alignment and identity calculation. PLoS ONE 9, e108277.
Ouibrahim L, Caranta C (2013) Exploitation of natural genetic diversity to study plant-virus interactions: what can we learn from Arabidopsis thaliana? Mol plant Pathol 14(8), 844-854.
Pamilo P, Bianchi NO (1993) Evolution of the Zfx and Zfy genes: rates and independence between the genes. Mol Biol Evol 10, 271–281.
Parrella G, Acanfora N, Orilio A F, Navas-Castillo J (2011) Complete nucleotide sequence of a Spanish isolate of Alfalfa mosaic virus: evidence for additional genetic variability. Arch Virol 156, 1049-1052.
Sharifi M, Massumi H, Heydarnejad J et al. (2008) Analysis of the biological and molecular variability of Watermelon mosaic virus isolates from Iran. Virus Genes 37, 304-313.
Smith K M (1972). A textbook of Plant Virus Diseases, 3rd ed., Academic Press, New York.
Tamura K, Stecher G, Peterson D, Filipski A, Kumar S (2013) MEGA6: Molecular evolutionary genetics analysis version 6.0. Mol Biol Evol 30, 2725-2729.
Tian YP, Liu JL, Zhang CL, Liu YY, Wang B, Li XD, Valkonen JPT (2011) Genetic diversity of Potato virus Y infecting tobacco crops in China. Phytopathol 101(3), 377-387.
Trucco VN, Breuil SD, Bejerman N, Lenardon S, Giolitti F (2014) Complete nucleotide sequence of Alfalfa mosaic virus isolated from alfalfa (Medicago sativa L.) in Argentina. Virus Genes 48, 562–565.
Tu JC, Holmes TM (1980). Effect of Alfalfa mosaic virus infection on nodulation, forage yield, forage protein and overwintering of alfalfa. Phytopathol 97, 1- 9.
Westgate JM (1908) Alfalfa. Washington: U.S. Department of Agriculture. P.5. Retrieved July 2013.
Weimer JL (1931). Alfalfa mosaic virus. Phytopathol 21, 122 - 123.
Yang Z, Nielsen R (2000) Estimating synonymous and non-synonymous substitution rates under realistic evolutionary models. Mol Biol Evol 17, 32-43.
Yoon JY, Joa JH, San Choi K, Do KS, Lim HC, Chung BN (2014) Genetic diversity of a natural population of Apple stem pitting virus isolated from apple in Korea. Plant Pathol J 30(2), 195-199. | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 508 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 258 |
||