آمار
| تعداد نشریات | 26 |
| تعداد شماره‌ها | 447 |
| تعداد مقالات | 4,557 |
| تعداد مشاهده مقاله | 5,379,998 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 3,580,062 |
ارزیابی تنوع ژنتیکی ژنوتیپهای Freesia hybrida با استفاده از نشانگر مولکولی ISSR | ||
| مجله بیوتکنولوژی کشاورزی | ||
| دوره 14، شماره 1، اردیبهشت 1401، صفحه 85-100 اصل مقاله (1.18 M) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22103/jab.2022.17985.1330 | ||
| نویسندگان | ||
| زهرا عربی1؛ علاءالدین کردنائیج* 1؛ محمدحسین عظیمی2؛ مریم کریمی علویجه3 | ||
| 1گروه بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شاهد، تهران، ایران | ||
| 2گروه ژنتیک و به نژادی، موسسه تحقیقات علوم باغبانی، سازمان تحقیقات آموزش و ترویج کشاورزی، محلات، ایران. | ||
| 3استاد، پژوهشکده گل و گیاهان زینتی، موسسه تحقیقات علوم باغبانی، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، محلات، | ||
| چکیده | ||
| هدف: هدف از پژوهش حاضر، ارزیابی تنوع ژنتیکی 23 ژنوتیپ گیاه زینتی فریزیا (Freesia hybrida) شامل شش ژنوتیپ والدینی و 17 دورگF1 حاصل از تلاقی آنها، با استفاده از 10 آغازگر ISSR به منظور بهرهبرداری از این تنوع در برنامههای بهنژادی این گیاه بودهاست. مواد و روش‌ها: پس از استخراج DNA از برگهای تازه و تکثیر نواحی نشانگری در دستگاه PCR و تفکیک قطعات نشانگری بر روی ژل الکتروفورز، نوارها نمرهدهی شدند و بر اساس ماتریس دادههای صفر و یک، پارامترهای نشانگری شامل تعداد لوکوسهای چند شکل، محتوای اطلاعات چندشکلی، نسبت چندگانه مؤثر، شاخص قدرت تفکیک، شاخص نشانگری و شاخصهای تنوع ژنتیکی شامل تعداد مشاهده شده و تعداد مؤثر آللها، شاخص تنوع ژنی نی و شاخص اطلاعات شانون مبتنی بر دادههای نشانگر ISSR محاسبه شدند. تجزیه به مؤلفههای اصلی بر اساس ضریب تشابه جاکارد با الگوریتم UPGMA و تجزیه خوشهای با استفاده از از ضرایب دایس به روش گروهبندی وارد انجام شد. نتایج: از مجموع 110 مکان ژنی تکثیر یافته برای 10 نشانگر ISSR، متوسط درصد چندشکلی برابر با 7/94 درصد در میان ژنوتیپهای تحت بررسی برآورد شد. نشانگر IS-HB11 بیشترین تعداد مکان ژنی چندشکل (12)، نسبت چندگانه مؤثر (39/7)، شاخص قدرت تفکیک (83/7) و شاخص نشانگری (67/2) را به خود اختصاص داد. تجزیه خوشهای، ژنوتیپها را به چهار گروه تفکیک و تجزیه به مؤلفههای اصلی درستی این گروهبندی را تأئید کرد. نتیجه‌گیری: اندازه نسبتا بالای شاخص محتوای اطلاعات چندشکلی (368/0)، نشان داد که نشانگرهای بهکار رفته در این پژوهش از اطلاعات ژنتیکی مناسب از لحاظ تعداد آللهای شناسایی شده و نیز توزیع فراوانی مناسب در ژنوم گیاه فریزیا برخوردار بوده و کارایی بالای خود را در تفکیک ژنوتیپها نشان دادند. همچنین بر اساس شاخصهای تنوع ژنی برآورد شده، بین والدین و دورگهای حاصل از تلاقی آنها اختلاف معنی داری مشاهده نشد. با وجود این، سطح تنوع ژنتیکی موجود قابل قبول بوده و میتوان از این تنوع در برنامههای بهنژادی فریزیا بهرهبرداری نمود. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| تجزیه به مؤلفههای اصلی؛ تجزیه خوشهای؛ تنوع ژنی؛ شاخص نشانگری | ||
| مراجع | ||
|
عطاری سیده زینب، شور محمود، قربانزاده نقاب محمود، تهرانی فر علی، ملک زاده شفارودی سعید (1395) بررسی تنوع ژنتیکی برخی ژنوتیپهای زنبق (Iris spp) با استفاده از نشانگر مولکولی ISSR. نشریه علوم باغیانی 30، 376- 382.
عرفانی ملیحه، محب الدینی مهدی، قنبری علیرضا، صباغ نیا ناصر (1397) ارزیابی روابط فیلوژنتیکی تودههای مختلف ترشک (Rumex spp.) بومی ایران با استفاده از نشانگرISSR ، صفتهای ریخت شناسی و بررسی ساختار روزنهای آنها. تاکسونومی و بیوسیستماتیک 34، 7-18.
قنبری همدانی سمیه، عصری یونس، مهرگان ایرج (1399) مطالعه تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیتی Ephedra major در ایران. رستنیها 21(2)، 231-247.
محمدی سید ابوالقاسم (1385) تجزیه و تحلیل دادههای مولکولی از دیدگاه بررسی تنوع ژنتیکی. نهمین کنگره علوم زراعت و اصلاح نباتات ایران، 5 شهریور 1385، تهران، ایران.
مؤمنی حسن، شیران بهروز، خدامباشی محمود، چغامیرزایی کیانوش (1392) بررسی تنوع ژنتیکی جمعیتهای گونه لاله واژگون (Fritillaria imperialis L.) در منطقه زاگرس ایران با استفاده از نشانگرهای مولکولی ISSR و صفات مورفولوژیکی. فصلنامه علوم باغبانی ایران 44(1)، 61-72.
Anderson NO (2007) Flower breeding and genetics. Springer, the Netherlands, 848 pages.
Attari SZ, Shoor M, Ghorbanzadeh Neghab M, et al. (2016) Evaluation of genetic diversity of Iris genotypes (Iris spp) using ISSR. Hortic Sci 30(3), 376- 382 (In Persian).
Botstein D, White RL, Skalnick MH, Davies RW (1980) Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphism. Am J Human Genet 32, 314-331.
Bryan JE (2002) Bulbs. Timber Press. Portland, Oregon, USA. 524 pages.
Chesnokov YV, Artemyeva AM (2015) Evaluation of the measure of polymorphism information of genetic diversity. Agric Biol 50(5), 571-578.
Debener T (2012) Molecular markers for ornamental plant genetics, genomics and breeding. Acta Hortic 953, 193-200.
Doyle JJ, Doyle JL (1990) Isolation of plant DNA from fresh tissue. Focus 12(1), 12-15.
Erfani M, Mohebodini M, Ghanbari A, Sabbaghnia N (2017) Investigating phylogenetic relationships in Iranian Docke ecotypes (Rumex spp.) using ISSR markers, morphological features, and their stomata structure. Taxon Biosyst 34, 7-18 (In Persian).
Ghanbari Hamedani S, Asri Y, Mehregan I (2020) Genetic diversity and population structure of Iranian Ephedra major. Rostaniha 21(2), 231–247 (In Persian).
Jamali M, Ghanbari A, Estaji A et al. (2019) Genetic diversity of dog rose (Rosa canina L.) using ISSR markers. Iran J Genet Plant Breed 8, 1-8.
Kayis SA, Hakki EE, Pinarkara E (2010) Comparison of effectiveness of ISSR and RAPD markers in genetic characterization of seized marijuana (Cannabis sativa L.) in Turkey. Afr J Agric Res 5(21), 2925-2933.
Konopiński MK (2020) Shannon diversity index: a call to replace the original Shannon’s formula with unbiased estimator in the population genetics studies. Peer J 8, e9391.
Lewontin RC (1972) The apportionment of human diversity. Evol Biol 6, 381–398.
Ma X, Zhang XQ, Zhou YH et al. (2008) Assessing genetic diversity of Elymus sibiricus (Poaceae: Triticeae) populations from Qinghai-Tibet Plateau by ISSR markers. Biochem Sys Ecol 36(7), 514-522.
Mohammadi SA (2006) Analysis of molecular data from the perspective of genetic diversity evaluation, Proc. of 9th Iranian congress of agricultural sciences and plant breeding, Aug. 27, 2006. Tehran, Iran (In Persian).
Momeni H, Shiran B, Khodambashi M, Choghamirzaie, K (2013) Evaluation of genetic diversity of Fritillaria imperialis L. populations in zagros region of Iran using ISSR markers. Hortic Sci 44 (1), 61- 72 (In Persian).
Nadeem MA, Nawaz MA, Shahid MQ et al. (2018) DNA molecular markers in plant breeding: current status and recent advancements in genomic selection and genome editing. Biotechnol Biotechnol Equip 32, 261-285.
Ng W, Tan SG (2015) Inter-simple sequence repeat (ISSR) markers: are we doing it right? ASM Sci J 9,30–39.
Nie M (1978) Estimation of average heterozygosity and genetic distance from a small number of individuals. Genetics 89, 583–90.
Reddy MP, Sarla N, Siddiq EA (2002) Inter simple sequence repeat (ISSR) polymorphism and its application in plant breeding. Euphytica 128(1), 9-17.
Roldán-Ruiz I, Dendauw J, Van Bockstaele E et al. (2000) AFLP markers reveal high polymorphic rates in ryegrasses (Lolium spp.). Mol Breed 6, 125–134.
Rout GR and Mohapatra A (2006) Use of molecular markers in ornamental plants: A critical reappraisal. Eur J Hortic Sci 71(2), 53-68.
Soengas P, Velasco P, Padilla G et al. (2006) Genetic relationships among Brassica napus crops based on SSR markers. Hort Science 41(5), 1195-1199.
Talas Ogras T, Koban E, Metin K et al. (2017) Assessment of genetic diversity of rose genotypes using ISSR markers. Turk J Botany 41(4), 347-355
Tsumura Y, Ohba K, Strauss SH (1996) Diversity and inheritance of inter-simple sequence repeat polymorphisms in Douglas-fir (Pseudotsuga menziesii) and Sugi (Cryptomeria japonica). Theor Appl Genet 92(1), 40–45.
Vijayan K (2005) Inter simple sequence repeat (ISSR) polymorphism and its application in mulberry genome analysis. Int J Ind Entomol 10(2), 79-86.
Ward JH (1963) Hierarchical Grouping to Optimize an Objective Function. J Am Stat Assoc 58, 236–244.
Watanabe KN, Watanabe JA (2000) Genetic diversity and molecular genetics of ornamental plant species. Biotechnol Biotechnol Equip 14(2), 19-2.
Zhang LJ, Dai SL 2010 Genetic variation within and among populations of Orychophragmus violaceus (Cruciferae) in China as detected by ISSR analysis. Genet Resour Crop Evol 57(1), 55-64.
Zietkiewicz E, Rafalski A, Labuda D (1994) Genome fingerprinting by simple sequence repeat (SSR)-anchored polymerase chain reaction amplification. Genomics 20 (2), 176–183. | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 1,146 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 300 |
||