
تعداد نشریات | 26 |
تعداد شمارهها | 447 |
تعداد مقالات | 4,557 |
تعداد مشاهده مقاله | 5,380,003 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 3,580,074 |
ارزیابی روابط ژنتیکی گونههای آژیلوپس با استفاده نشانگرهای چندشکلی نواحی هدفمند (TRAP) | ||
مجله بیوتکنولوژی کشاورزی | ||
دوره 14، شماره 2، تیر 1401، صفحه 67-84 اصل مقاله (1.17 M) | ||
نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22103/jab.2022.17493.1314 | ||
نویسندگان | ||
حمید کریمی1؛ صدیقه فابریکی اورنگ* 2؛ علی اشرف مهرابی3 | ||
1دانشجوی کارشناسی ارشد ژنتیک و بهنژادی گیاهی، دانشگاه بینالمللی امام خمینی (ره)، قزوین، ایران. | ||
2قزوین دانشگاه بین المللی امام خمینی (ره) | ||
3گروه اصلاح و بیوتکنولوژی دانشگاه ایلام | ||
چکیده | ||
هدف: هدف این تحقیق تعیین روابط و سطح تنوع ژنتیکی بین و درون گونههای وحشی آژیلوپس با استفاده از نشانگرهای ملکولی TRAP که مبتنی بر نواحی EST هستند، میباشد. مواد و روشها: در این تحقیق تنوع ژنتیکی و روابط بین گونههای وحشی آژیلوپس جمعآوری شده از 14 استان ایران متشکل از هشت گونه Aegilops با استفاده از 24 ترکیب آغازگرهای TRAP مورد ارزیابی قرار گرفتند. نتایج: میانگین PIC آغازگرهای مورد مطالعه برابر 95/0 و کمترین و بیشرین میزان این شاخص بهترتیب مربوط به آغازگرهای (92/0) TRAP20 و (97/0) TRAP10 بود. همچنین میانگین شاخص نشانگری (MI) برابر 77/10 و کمترین و بیشرین میزان این شاخص بهترتیب مربوط به آغازگرهای (95/6) TRAP3 و (34/17) TRAP17 بود. نتایج تجزیه واریانس ملکولی، واریانس بین گونهها را 60 و واریانس درون گونهها را 40 درصد نشان داد. پارامترهای ژنتیکی برآورد شده نشان داد که بیشترین میزان Na (07/1)، Ne (26/1)، I (23/0) و uHe (16/0) مربوط به گونه Ae. truncialis و حداکثر شاخص تنوع ژنی نی (14/0) مربوط به گونههای Ae. truncialis، Ae. umbelulata و Ae. neglecta بود. حداقل مقدار شاخصهای تنوع ژنی نی (09/0)، شاخص شانون (14/0)، تعداد آلل موثر (16/1) و تعداد آلل مشاهده شده (79/0) برای گونه Ae. crassa مشاهده شد. کمترین تشابه ژنتیکی بین Ae. crassa با گونههای Ae. cylandrica و Ae. umbelulata و بیشترین تشابه بین Ae. triuncialis و Ae. umbelulata مشاهده شد. قرار گرفتن Ae. umbelulata و Ae. truncialis در یک گروه در تجزیه خوشهای و تجزیه به مختصات اصلی و با فاصله زیاد از سایر گونهها شباهت ژنتیکی بالای این دو گونه را تائید کرد. نتیجهگیری: نتایج تحقیق تنوع ژنتیکی بالایی را در بین و درون گونهها نشان داد. تجزیه واریانس ملکولی تنوع ژنتیکی بالاتر در بین گونهها را مشخص کرد که این نتیجه نمایانگر جریان ژنی و شاخص تثبیت (Fst) پایین در بین گونهها و نیز تایید کننده تمایز ژنتیکی بالا در بین گونهها بود. | ||
کلیدواژهها | ||
آژیلوپس؛ تنوع ژنتیکی؛ گندم؛ گونههای وحشی؛ TRAP | ||
مراجع | ||
محمدآبادی محمدرضا، کرد محبوبه، نظری محمود (1397) مطالعه بیان ژن لپتین در بافتهای مختلف گوسفند کرمانی با استفاده از real time PCR. مجله بیوتکنولوژی کشاورزی 10(3)، 122-111.
محمدی فر آمنه، محمدآبادی محمدرضا (1390) کاربرد نشانگرهای ریزماهواره برای مطالعه ژنوم گوسفند کرمانی. مجله علوم دامی ایران 42(4)، 344-337.
References
Alwala S, Andru S, Jie AA, et al. (2006) Target region amplification polymorphism (TRAP) for assessing genetic diversity in sugarcane germplasm collections. Crop Sci 46, 448-455.
Askari N, Baghizadeh A, Mohammadabadi MR (2010) Study of genetic diversity in four populations of Raeini cashmere goat using ISSR markers. Modern Genet J 5 (2), 49-56.
Basirnia A, Darvishzadeh R, Abdollahi Mandoulakani B (2016) Retrotransposon insertional polymorphism in sunflower (Helianthus annuus L.) lines revealed by IRAP and REMAP markers. Plant Biosyst- Int J Deal Aspect Plant Biol 150(4), 641-652.
Blum H, Beier H, Gross HJ (1987) Improved silver staining of plant proteins, RNA and DNA in polyacrylamide gels. Electrophoresis 8, 93-99.
Doyle JJ, Doyle JK (1987) A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue. Phytochem Bulletin 19, 11-15.
Ghasemi M, Baghizadeh A, Abadi MRM (2010) Determination of genetic polymorphism in Kerman holstein and Jersey cattle population using ISSR markers. Aust J Basic & Appl Sci 4 (12), 5758-5760.
Kashkush K, Feldman M, Levy AA (2002) Gene loss, silencing and activation in a newly synthesized wheat allotetraploid. Genetics 160(4), 1651-1659.
Kilian B, Mammen K, Millet E, et al. (2011) Wild Crop Relatives: Genomic and Beerding Resources: Cereals, Springer, Chapter 1.
Kimber G, Feldman M (1987) Wild wheat, an introduction. College of Agriculture University of Missouri, Columbia. 142 pp.
Kwon SJ, Hu J, Coyne CJ (2010) Genetic diversity and relationship among faba bean (Vicia faba L.) germplasm entries as revealed by TRAP markers. Plant Genet Res 8(3), 204-213.
Mohammadabadi MR, Esfandyarpoor E, Mousapour A (2017) Using inter simple sequence repeat multi-loci markers for studying genetic diversity in Kermani sheep. J Res Dev 5 (2), e154.
Mohammadabadi MR, Kord M, Nazari M (2018) Studying expression of leptin gene in different tissues of Kermani sheep using real time PCR. Agric Biotechnol J 10, 111-122 (In Persian).
Mohammadifar A, Mohammadabadi MR (2011) Application of microsatellite markers for a study of Kermani sheep genome. Iran J Anim Sci 42 (4), 337-344 (In Persian).
Moustafa KA, Saleh M, Al-Doss AA, et al. (2014) Identification of TRAP and SRAP markers linked with yield components under drought stress in wheat (Triticum aestivum L.). Plant Omics 7(4), 253.
Poczai P, Hyvonen J, Taller J, et al. (2013) Phylogenetic analyses of Teleki grapevine rootstocks using three chloroplast DNA markers. Plant Mol Biol Rep 31(2), 371-386.
Poczai P, Varga I, Laos M, et al. (2013) Advances in plant gene-targeted and functional markers: a review. Plant Methods 9(1), 6.
Pour-Aboughadareh A, Ahmadi J, Mehrabi AA, et al. (2018) Insight into the genetic variability analysis and relationships among some Aegilops and Triticum species, as genome progenitors of bread wheat, using SCoT markers. Plant Biosyst-International J Deal Aspect Plant Biol 152(4), 694-703.
Powell W, Morgante M, Andre C, et al. (1996) The comparison of RFLP, RAPD, AFLP and SSR (microsatellite) markers for germplasm analysis. Mol Breed 2, 225-238.
Prevost A, Wilkinson MJ (1999) A new system of comparing PCR primers applied to ISSR fingerprinting of potato cultivars. Theor Appl Genet 98, 107-112.
Salem KFM, El-zanaty AM, Esmail RM (2008) Assessing wheat (Triticum aestivum L.) genetic diversity using morphological characters and microsatellite markers. World J Agric Sci 4, 538-544.
Schneider A, Molnar I (2008) Utililisation of Aegilops (goatgrass) species to widen the genetic diversity of cultivated wheat. Euphytica 163, 1-19.
Shahdadnejad N, Mohammadabadi MR, Shamsadini M (2016) Typing of clostridium perfringens isolated from broiler chickens using multiplex PCR. Genet 3rd Millennium 14 (4), 4368-4374.
Singh RB, Singh B, Singh RK (2017) Study of genetic diversity of sugarcane (Saccharum) species and commercial varieties through TRAP molecular markers. Indian J Plant Physiol 22(3), 332-338.
Suman A, Ali K, Arro J, et al. (2012) Molecular diversity among members of the Saccharum complex assessed using TRAP markers based on lignin-related genes. BioEnergy Res 5(1), 197-205.
Tanksley SD, McCouch SR (1997) Seed banks and molecular maps: unlocking genetic potential from the wild. Science 277, 1063-1066.
Thomas KG, Bebeli PJ (2010) Genetic diversity of Greece Aegilops species using different types of nuclear genome markers. Mol Phylogent Evol 56, 951-961
Van Slageren MW (1994) Wild wheats: a monograph of Aegilops L. and Amblyopyrum (jaub. And Spach) Eig (poaceae). Wageningen Agricultural University. Wageningen, the Netherland, pp: 94-107.
Wang G, Miyashita NT, Tsunewaki K (1997) Plasmon analyses of Triticum (wheat) and Aegilops: PCR-single-strand conformational polymorphism (PCR-SSCR) analyses of organellar DNAs. Proc Natl Acad Sci USA 94 (14), 570-577.
Wright S (1951) The genetical structure of populations. Ann Eugen 15, 323-354.
Yue B, Cai X, Vick BA, Hu J (2009) Genetic diversity and relationships among 177 public sunflower inbred lines assessed by TRAP markers. Crop Sci 49(4), 1242-1249. | ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 443 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 304 |