
تعداد نشریات | 26 |
تعداد شمارهها | 447 |
تعداد مقالات | 4,557 |
تعداد مشاهده مقاله | 5,380,001 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 3,580,066 |
شناسایی مولکولی هفت گونه کرم خاکی (Annelida: Oligochaeta) با استفاده از بارکدینگ DNA ناحیه ژنی 18S rRNA و ارتباط آنها با ویژگیهای خاک در استان بابل، عراق | ||
مجله بیوتکنولوژی کشاورزی | ||
دوره 17، شماره 2، اردیبهشت 1404، صفحه 171-196 اصل مقاله (761.55 K) | ||
نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22103/jab.2025.24781.1659 | ||
نویسندگان | ||
زینب عمران عیسی؛ وامید ع. ک. الیاسری* ؛ ماهر علی القریشی | ||
گروه زیستشناسی، دانشکده علوم، دانشگاه بابل، عراق | ||
چکیده | ||
هدف: این مطالعه با هدف شناسایی و طبقهبندی گونههای کرم خاکی موجود در استان بابل عراق با استفاده از روشهای مولکولی انجام شد و همچنین تأثیر عوامل محیطی بر پراکنش و فراوانی این گونهها بررسی گردید. با توجه به کمبود پژوهشها در زمینه کرمهای خاکی در عراق، این تحقیق سعی دارد درک روشنتری از تنوع گونهای در این منطقه ارائه داده و بررسی کند که تغییرات ویژگیهای خاک تا چه میزان بر حضور بومشناختی این ارگانیسمها اثر میگذارد. مواد و روشها: کار میدانی در سه ایستگاه بومشناختی متمایز در استان بابل که شرایط زیستمحیطی و کاربری متفاوتی داشتند، انجام شد. نمونهبرداری در سه فصل پاییز، زمستان و بهار در بازه زمانی ۲۰۲۳ تا ۲۰۲۴ صورت گرفت. نمونههای خاک از هر سایت برای اندازهگیری دما، pH، هدایت الکتریکی (EC)، مجموع جامدات محلول (TDS) و میزان رطوبت مورد تجزیهوتحلیل قرار گرفتند تا نمایهای جامع از ویژگیهای فیزیکوشیمیایی خاک ارائه شود. نمونههای کرم خاکی به صورت دستی جمعآوری و برای تجزیه و تحلیل مولکولی نگهداری شدند. برای شناسایی گونهها از بارکد DNA ناحیه ژنی 18S rRNA استفاده شد و توالیهای حاصل برای مقایسه و تأیید در پایگاه داده GenBank متعلق به NCBI ثبت گردیدند. نتایج: هفت گونه Aporrectodea tuberculata، Aporrectodea caliginosa، Dendrobaena platyura، Fitzingeria platyura، Hormogaster redii، Lumbricus rubellus و Polytoreutus finni از طریق روشهای مولکولی شناسایی شدند. همبستگیهای آماری نشان داد که رطوبت و دمای خاک تأثیر قابلتوجهی بر پراکنش کرمهای خاکی دارند، بهطوریکه تراکم جمعیتی آنها در دورههای گرم بهطور محسوسی کاهش مییابد. این یافتهها نشان میدهد که کرمهای خاکی این منطقه واکنشهای فیزیولوژیکی شدیدی نسبت به تنشهای گرمایی و رطوبتی از خود نشان میدهند که این موضوع الگوهای مکانی و فصلی آنها را شکل میدهد. نتیجهگیری: این مطالعه کارآمدی بارکدینگ DNA را برای شناسایی دقیق گونههای کرم خاکی تأیید کرده و دادههای جدیدی را در مورد تنوع زیستی Oligochaeta در عراق ارائه میدهد. همبستگی مشاهدهشده بین شرایط محیطی و جمعیت کرمهای خاکی بر اهمیت مدیریت صحیح خاک برای حفظ تنوع زیستی تأکید دارد. انجام تحقیقات آینده با بهرهگیری از نشانگرهای ژنومی گستردهتر و نقاط نمونهبرداری بیشتر برای درک بهتر نقشهای بومشناختی این ارگانیسمها در زیستگاههای متنوع عراق توصیه میشود. | ||
کلیدواژهها | ||
Dendrobaena platyura؛ اکوسیستم؛ مولکولی؛ Oligochaeta؛ 18S rRNA | ||
مراجع | ||
Ahmed, N. S., Chachain, N. F., Edan, F. H., Nada, S. M., & Ibraheem, A. N. (2015). Study of phylogenetic tree and morphology of Aporrectodea based on mitochondrial marker (16S rRNA gene) in some areas south of Baghdad, Iraq. Iraqi Journal of Biotechnology, 14, 47–54. https://jige.uobaghdad.edu.iq/index.php/IJB/article/view/248 Aira, M., Monroy, F., & Domínguez, J. (2007). Microbial biomass governs enzyme activity decay during aging of worm-worked substrates through vermicomposting. Journal of Environmental Quality, 36(2), 448–452. https://doi.org/10.2134/jeq2006.0262 Al-Habib, O. A., & Othman, N. M. (2021). Molecular classification of the earthworm Aporrectodea trapezoides and the effect of sodium nitroprusside and norepinephrine on the contractility of crop and gizzard smooth muscle. Academic Journal of Nawroz University, 10(2), 220–226. https://doi.org/10.25007/ajnu.v10n2a1093 Al-Khafagi, N. F., Jaweir, H. J., & Al-Mukhtar, E. (2013). Effect of ecological factors on the distribution of earthworms in Baghdad. Journal of Genetic and Environmental Resources Conservation, 1(1), 41–46. https://ojs.gercj.com/index.php/gercj/article/view/35/22 American Public Health Association (APHA). (2005). Standard methods for the examination of water and wastewater (21st ed.). APHA. https://www.scirp.org/reference/ReferencesPapers?ReferenceID=1870039 Ansari, A. A., & Ismail, S. A. (2012). Role of earthworms in vermitechnology. Journal of Agricultural Technology, 8(2), 403–415. http://www.ijat-aatsea.com Askari, N., Mohammadabadi, M., & Baghizadeh, A. (2011). ISSR markers for assessing DNA polymorphism and genetic characterization of cattle, goat, and sheep populations. Iranian Journal of Biotechnology, 9(3), 222–229. https://www.ijbiotech.com/article_7158.html Blouin, M., Hodson, M. E., Delgado, E. A., Baker, G., Brussaard, L., Butt, K. R., Dai, J., Dendooven, L., Peres, G., Tondoh, J. E., Cluzeau, D., & Brun, J.-J. (2013). A review of earthworm impact on soil function and ecosystem services. European Journal of Soil Science, 64(2), 161–182. https://doi.org/10.1111/ejss.12025 Bozorgi, F., Seiedy, M., Malek, M., Aira, M., Pérez-Losada, M., & Domínguez, J. (2019). Multigene phylogeny reveals a new Iranian earthworm genus (Lumbricidae: Philomontanus) with three new species. PLOS ONE, 14(1), e0208904. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0208904 Chang, C. H., Rougerie, R., & Chen, J. H. (2009). Identifying earthworms through DNA barcodes: Pitfalls and promise. Pedobiologia, 52(3), 171–180. https://doi.org/10.1016/j.pedobi.2008.08.002 Dastgeer, G., Hussain, M., Aftab, K., Tufail, M. S., Malik, M. F., Umar, M., & Sajid, M. S. (2020). Seasonal distribution of rotifer diversity in selected fish ponds and Marala Headworks, Sialkot, Pakistan. Journal of Animal and Plant Sciences, 30(5), 1298–1308. https://doi.org/10.36899/JAPS.2020.5.0148 De Wandeler, H., Sousa-Silva, R., Ampoorter, E., Bruelheide, H., Carnol, M., Dawud, S. M., Dănilă, G., Finer, L., Hättenschwiler, S., Hermy, M., Jaroszewicz, B., Joly, F.-X., Müller, S., Pollastrini, M., Ratcliffe, S., Raulund-Rasmussen, K., Selvi, F., Valladares, F., Van Meerbeek, K., Verheyen, K., Vesterdal, L., & Muys, B. (2016). Drivers of earthworm incidence and abundance across European forests. Soil Biology and Biochemistry, 99, 167–178. https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2016.05.003 Desjardins, R. P., & Conklin, D. S. (2011). Microvolume quantitation of nucleic acids. Current Protocols in Molecular Biology, 93(1), A-3J. https://doi.org/10.1002/0471142727.mba03js93 Dhanasekaran, M., Bhavan, P. S., Manickam, N., & Kalpana, R. (2017). Physico-chemical characteristics and zooplankton diversity in a perennial lake at Dharmapuri (Tamil Nadu, India). Journal of Entomology and Zoology Studies, 5(1), 285–292. https://www.entomoljournal.com/archives/?year=2017&vol=5&issue=1&ArticleId=1476 Escudero, G. J., Lagerlöf, J., Martínez Debat, C., & Pérez, C. A. (2019). Identification of earthworm species in Uruguay based on morphological and molecular methods. Agrociencia (Uruguay), 23(1), 37–46. https://doi.org/10.31285/agro.23.1.12 Farhadi, Z., Malek, M., & Elahi, E. (2013). Review of the earthworm fauna of Iran with emphasis on Kohgiluyeh & Boyer-Ahmad Province. Zootaxa, 3670(4), 440–448. https://doi.org/10.11646/zootaxa.3670.4.2 Hebert, P. D., Cywinska, A., Ball, S. L., & DeWaard, J. R. (2003). Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences, 270(1512), 313–321. https://doi.org/10.1098/rspb.2002.2218 Hendrix, P. F., & Edwards, C. A. (2004). Earthworms in agroecosystems: Research approaches. In C. A. Edwards (Ed.), Earthworm ecology (pp. 287–295). CRC Press. ISBN: 9780429129049 IBM Corp. (2015). IBM SPSS Statistics for Windows (Version 23.0). IBM Corp. Jafari Ahmadabadi, S. A. A., Askari-Hemmat, H., Mohammadabadi, M., Asadi Fouzi, M. &Mansouri, M. (2023). The effect of Cannabis seed on DLK1 gene expression in heart tissue of Kermani lambs. Agricultural Biotechnology Journal, 15(1), 217-234. https://doi.org/10.22103/jab.2023.21265.1471 Javanmard, A., Mohammadabadi, M. R., Zarrigabayi, G. E., & Gharahedaghi, A. A. (2008). Polymorphism within the intron region of the bovine leptin gene in Iranian Sarabi cattle (Bos taurus). Russian Journal of Genetics, 44(4), 495-497. https://doi.org/10.1134/S1022795408040169 Javidkar, M., Abdoli, A., Ahmadzadeh, F., Nahavandi, Z., & Yari, M. (2020). Molecular evidence reveals introduced populations of Eiseniella tetraedra (Savigny, 1826) (Annelida, Lumbricidae) with European origins from protected freshwater ecosystems of the southern Alborz Mountains. Marine and Freshwater Research, 72(1), 44–57. https://ui.adsabs.harvard.edu/abs/2021MFRes..72...44J/abstract Joel, O. F., & Amajuoyi, C. A. (2009). Determination of selected physicochemical parameters and heavy metals in a drilling cutting dump site at Ezeogwu–Owaza, Nigeria. Journal of Applied Sciences and Environmental Management, 13(2). https://doi.org/10.4314/jasem.v13i2.55297 Khidher, S. A. (2017). The stages of atmospheric forecast evolution in Iraq historical. Arab Scientific Heritage Journal, 1(1), 119–154. https://jrashc.uobaghdad.edu.iq/index.php/jrashc/article/view/127/101 Klok, C., Faber, J., Heijmans, G., Bodt, J., & van der Hout, A. (2007). Influence of clay content and acidity of soil on development of the earthworm Lumbricus rubellus and its population level consequences. Biology and Fertility of Soils, 43, 549–556. https://doi.org/10.1007/s00374-006-0135-0 Lalthanzara, H., Lalfelpuii, R., Zothansanga, C., Vabeiryureilai, M., Senthil Kumar, N., & Gurusubramanium, G. (2018). Oligochaete taxonomy – The rise of earthworm DNA barcode in India. 18(1), 1–10. https://doi.org/10.33493/SCIVIS.18.01.01 Manickam, N., Bhavan, P. S., Santhanam, P., Muralisankar, T., Srinivasan, S., Radhakrishnan, A., & JawaharAli, A. (2014). Seasonal variations of zooplankton diversity in a perennial reservoir at Thoppaiyar, Dharmapuri District, South India. Austin Journal of Aquaculture and Marine Biology, 1(1), 1–7. https://api.semanticscholar.org/CorpusID:90883680 Mohammadabadi, M. R., & Tohidinejad, F. (2017). Characteristics determination of Rheb gene and protein in Raini Cashmere goat. Iranian Journal of Applied Animal Science, 7(2), 289–295. https://journals.iau.ir/article_531213.html Mohammadabadi, M. R., Torabi, A., Tahmourespoor, M., Baghizadeh, A., Esmailizadeh Koshkoie, A., & Mohammadi, A. (2010). Analysis of bovine growth hormone gene polymorphism of local and Holstein cattle breeds in Kerman province of Iran using polymerase chain reaction restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP). African Journal of Biotechnology, 9(41), 6848–6852. https://www.ajol.info/index.php/ajb/article/view/130242 Mohammadabadi, M., Kheyrodin, H., Afanasenko, V., Babenko Ivanivna, O., Klopenko, N., Kalashnyk, O., Ievstafiieva, Y., & Buchkovska, V. (2024). The role of artificial intelligence in genomics. Agricultural Biotechnology Journal, 16(2), 195–279. https://doi.org/10.22103/jab.2024.23558.1575 Mohammadabadi, M., Oleshko, V., Oleshko, O., Heiko, L., Starostenko, I., Kunovskii, J., Bazaeva, A., & Roudbari, Z. (2021). Using inter simple sequence repeat multi-loci markers for studying genetic diversity in guppy fish. Turkish Journal of Fisheries and Aquatic Sciences, 21, 603–613. https://doi.org/10.4194/1303-2712-v21_12_03 Mohammadifar, A., & Mohammadabadi, M. R. (2017). The effect of uncoupling protein polymorphisms on growth, breeding value of growth and reproductive traits in the Fars indigenous chicken. Iranian Journal of Applied Animal Science, 7(4), 679–685. https://journals.iau.ir/article_535799.html Molaei Moghbeli, S., Barazandeh, A., Vatankhah, M., & Mohammadabadi, M. (2013). Genetics and non-genetics parameters of body weight for post-weaning traits in Raini Cashmere goats. Tropical Animal Health and Production, 45, 1519–1524. https://doi.org/10.1007/s11250-013-0393-4 Moreno, A. G., & Mischis, C. C. (2003). The status of Gilberto Righi’s earthworm collection at the museum of São Paulo–Righi memorial: Tropical ecology: The 7th international symposium on earthworm ecology· Cardiff· Wales· 2002. Pedobiologia, 47(5–6), 413–418. https://doi.org/10.1078/0031-4056-00206 Moritz, C., & Cicero, C. (2004). DNA barcoding: Promise and pitfalls. PLoS Biology, 2(10), e354. https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0020354 Noori, A. N., Behzadi, M. R. B., & Mohammadabadi, M. R. (2017). Expression pattern of Rheb gene in Jabal Barez Red goat. Indian Journal of Animal Sciences, 87(11), 1375–1378. https://doi.org/10.56093/ijans.v87i11.75890 Norouzy, A., Nassiry, M. R., Shahrody, F. E., Javadmanesh, A., Mohammadabadi, M. R., & Sulimova, G. E. (2005). Identification of bovine leucocyte adhesion deficiency (BLAD) carriers in Holstein and Brown Swiss AI bulls in Iran. Russian Journal of Genetics, 41(12), 1409–1413. https://doi.org/10.1007/s11177-006-0014-7 Othman, H. H., & Ahmad, S. T. (2020). Molecular identification of some earthworm species (Annelida; Oligochaeta) in Kurdistan-Iraq. Zanco Journal of Pure and Applied Sciences, 32(6), 46–53. https://doi.org/10.21271/ZJPAS.32.6.5 Saadatabadi, L. M., Mohammadabadi, M., Nanaei, H. A., Ghanatsaman, Z. A., Stavetska, R. V., Kalashnyk, O., Kochuk-Yashchenko, O. A., & Kucher, D. M. (2023). Unraveling candidate genes related to heat tolerance and immune response traits in some native sheep using whole genome sequencing data. Small Ruminant Research, 225, 107018. https://doi.org/10.1016/j.smallrumres.2023.107018 Salahi, T., Pourbabaei, H., Salahi, M., & Karamzadeh, S. (2017). An investigation on plant species composition and diversity in the coniferous and broadleaved plantations: Case study of Bibi Yanlu Forest Park, Astara, Iran. Biodiversitas Journal of Biological Diversity, 18(3), 958–963. https://doi.org/10.13057/biodiv/d180313 Sankar, A. S., & Patnaik, A. (2018). Impact of soil physico-chemical properties on distribution of earthworm populations across different land use patterns in southern India. Journal of Basic and Applied Zoology, 79, 1–18. https://doi.org/10.1186/s41936-018-0066-y Scientific TF. (2009). NanoDrop 2000/2000c spectrophotometer V1.0 user manual (p. 97). Shokri, S., Khezri, A., Mohammadabadi, M., & Kheyrodin, H. (2023). The expression of MYH7 gene in femur, humeral muscle, and back muscle tissues of fattening lambs of the Kermani breed. Agricultural Biotechnology Journal, 15(2), 217–236. https://doi.org/10.22103/jab.2023.21524.1486 Singh, J., Singh, S., Bhat, S. A., Vig, A. P., & Schädler, M. (2018). Eco-friendly method for the extraction of earthworms: Comparative account of formalin, AITC and Allium cepa as extractant. Applied Soil Ecology, 124, 141–145. https://doi.org/10.1016/j.apsoil.2017.11.007 Singh, S., Singh, J., & Vig, A. P. (2016). Effect of abiotic factors on the distribution of earthworms in different land use patterns. Journal of Basic and Applied Zoology, 74, 41–50. https://doi.org/10.1016/j.jobaz.2016.06.001 Vršič, S., Breznik, M., Pulko, B., & Rodrigo-Comino, J. (2021). Earthworm abundance changes depending on soil management practices in Slovenian vineyards. Agronomy, 11(6), 1241. https://doi.org/10.3390/agronomy11061241 Zamani, P., Akhondi, M., Mohammadabadi, M. R., Saki, A. A., Ershadi, A., Banabazi, M. H., & Abdolmohammadi, A. R. (2011). Genetic variation of Mehraban sheep using two intersimple sequence repeat (ISSR) markers. African Journal of Biotechnology, 10(10), 1812–1817. https://www.ajol.info/index.php/ajb/article/view/93089 | ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 174 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 97 |