
تعداد نشریات | 26 |
تعداد شمارهها | 447 |
تعداد مقالات | 4,557 |
تعداد مشاهده مقاله | 5,379,993 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 3,580,058 |
تعیین ژنوتیپ ایزولههای بالینی Serratia marcescens با استفاده از تکنیکهای مولکولی | ||
مجله بیوتکنولوژی کشاورزی | ||
دوره 17، شماره 2، اردیبهشت 1404، صفحه 263-284 اصل مقاله (785.15 K) | ||
نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22103/jab.2025.24830.1665 | ||
نویسندگان | ||
انتظار کَظَر؛ أزهر حسین* | ||
گروه زیستشناسی، دانشکده آموزش، دانشگاه القادسیه، عراق | ||
چکیده | ||
هدف: Serratia marcescens یک باسیل گرممنفی، بیهوازی اختیاری و متعلق به خانواده Enterobacteriaceae است. این باکتری یک پاتوژن فرصتطلب محسوب میشود که بهدلیل نقش آن در طیف گستردهای از عفونتهای بیمارستانی و اکتسابی از جامعه، از جمله عفونتهای دستگاه ادراری، عفونتهای دستگاه تنفسی، عفونتهای خونی و عفونتهای زخم، مورد توجه فزایندهای قرار گرفته است. این باکتری همچنین بهدلیل توانایی زندهماندن در شرایط محیطی متنوع و مقاومت ذاتی به چندین نوع آنتیبیوتیک شناخته میشود که درمان عفونتهای ناشی از آن را در محیطهای بالینی چالشبرانگیز میکند. ژن 16S rRNA، که در میان باکتریها بسیار محافظتشده است، ولی دارای نواحی متغیر نیز میباشد، بهطور گسترده برای مطالعات فیلوژنتیک و شناسایی باکتریایی استفاده میشود. تعیین ژنوتیپ با استفاده از آنالیز پلیمورفیسم طول قطعات برشی (PCR-RFLP) ژن 16S rRNA امکان تمایز سویههای باکتریایی را بر اساس حضور جایگاههای برش آنزیمی خاص فراهم میسازد. این تکنیک دیدگاههایی در مورد تنوع ژنتیکی و روابط تکاملی بین ایزولهها ارائه میدهد. هدف این مطالعه تعیین ژنوتیپ ایزولههای بالینی S. marcescens بهدستآمده از منابع مختلف بهداشتی و درمانی در استان دیوانیه، عراق با استفاده از تکنیکهایی نظیر PCR، تعیین توالی و PCR-RFLP با آنزیمهای برشی AluI و MspI و بررسی تنوع ژنتیکی ایزولههای محلی بود. مواد و روشها: در مجموع ۲۰۰ نمونه بالینی از بیماران مراجعهکننده به بیمارستان آموزشی دیوانیه و چندین درمانگاه خصوصی در سطح استان دیوانیه عراق جمعآوری شد. نمونهها بر روی محیطهای کشت انتخابی و افتراقی استاندارد کشت داده شدند. DNA ژنومی از ایزولههای خالصشده S. marcescens با استفاده از کیت تجاری استخراج DNA باکتری استخراج شد. شناسایی مولکولی با تکثیر ژن 16S rRNA با استفاده از پرایمرهای جهانی باکتریایی انجام شد. محصولات PCR ایزولههای تأییدشده S. marcescens خالصسازی شده و به یک مرکز تعیین توالی تجاری در کره جنوبی ارسال شدند. درختهای فیلوژنتیکی با روش Neighbor-Joining ساخته شدند. برای ارزیابی تنوع ژنتیکی در میان ایزولههای S. marcescens، آنالیز PCR-RFLP ژن 16S rRNA انجام شد. الگوهای RFLP متمایز تحلیل شدند و تعداد ژنوتیپهای مختلف بر اساس الگوی باندی حاصل از هر آنزیم تعیین گردید. نتایج: در مجموع ۲۰ ایزوله از منابع مختلف بهدست آمد که شامل ۱۵ ایزوله (۷۵٪) از عفونتهای دستگاه ادراری، ۳ ایزوله (۱۵٪) از سوختگی و زخمها، و ۲ ایزوله (۱۰٪) از آسیبهای چشمی بودند. نتیجهگیری: این مطالعه نشان داد که تکنیکهای مولکولی دادههای دقیقی در مورد ساختار ژنتیکی Serratia marcescens فراهم میکنند که موجب بهبود دقت تشخیص داده شده و مسیر توسعه ابزارهای تشخیصی حساستر و قابلاعتمادتر را در آینده هموار میسازد. | ||
کلیدواژهها | ||
تعیین ژنوتیپ؛ 16srRNA؛ PCR-RFLP؛ Serratia marcescens | ||
مراجع | ||
Anfal, M. K., Suhaila, S., & Mohammed, A. F. (2011). Isolation of Multi Antibiotic Resistance Serratia marcescens and the Detection of AmpC & GESL Genes by Polymerase Chain Reaction Technique. Al-Mustansiriyah Journal of Science 22(6), 329-346. https://doi.org/10.23851/mjs.v22i6 Barman, S., Bhattacharya, S. S., & Mandal, N. C. (2020). Serratia. In N. Amaresan, M. S. Kumar, K. Annapurna, K. Kumar, & A. Sankaranarayanan (Eds.), Beneficial microbes in agro-ecology (pp. 27–36). Academic Press. https://doi.org/10.1016/B978-0-12-823414-3.00003-4 Cristina, M. L., Sartini, M., & Spagnolo, A. M. (2019). Serratia marcescens infections in neonatal intensive care units (NICUs). International Journal of Environmental Research and Public Health, 16(4), 610. https://doi.org/10.3390/ijerph16040610 Daham, R. I. (2021). Daham, R. I. (2021). Immunological and biological effects of Serratia marcescens extracellular protease isolated from UTI infections (Master’s thesis, Mustansiriyah University). Ghorbanalizadgan, M., Bakhshi, B., Shams, S., & Najar-Peerayeh, S. (2019). Ghorbanalizadgan, M., Bakhshi, B., Shams, S., & Najar-Peerayeh, S. (2019). Pulsed-field gel electrophoresis fingerprinting of Campylobacter jejuni and Campylobacter coli strains isolated from clinical specimens, Iran. International Microbiology, 22(3), 391–398. https://doi.org/10.1007/s10123-019-00073-2 Hamzah, A. S., & Awayid, H. S. (2023). Hamzah, A. S., & Awayid, H. S. (2023). Analysis of virulence genes sequencing of Serratia marcescens in Iraqi hospitals. Cellular and Molecular Biology, 69(11), 162–166. https://doi.org/10.14715/cmb/2023.69.11.27 Hanczvikkel, A., Tóth, Á., Németh, I. A. K., Bazsó, O., Závorszky, L., Buzgó, L., ... & Hajdu, Á. (2024). Hanczvikkel, A., Tóth, Á., Németh, I. A. K., Bazsó, O., Závorszky, L., Buzgó, L., ... & Hajdu, Á. (2024). Nosocomial outbreak caused by disinfectant-resistant Serratia marcescens in an adult intensive care unit, Hungary, February to March 2022. Eurosurveillance, 29(26), 2300492. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2024.29.26.2300492 Idris, A. B., Hassan, H. G., Ali, M. A. S., Eltaher, S. M., Idris, L. B., Altayb, H. N., Abass, A. M., Ibrahim, M. M. A., Ibrahim, E. M., & Hassan, M. A. (2020). Molecular phylogenetic analysis of 16S rRNA sequences identified two lineages of Helicobacter pylori strains detected from different regions in Sudan suggestive of differential evolution. International Journal of Microbiology, 2020, 8825718. https://doi.org/10.1155/2020/8825718 Javanmard, A., Mohammadabadi, M. R., Zarrigabayi, G. E., & Gharahedaghi, A. A. (2008). Polymorphism within the intron region of the bovine leptin gene in Iranian Sarabi cattle (Bos taurus). Russian Journal of Genetics, 44(4), 495-497. https://doi.org/10.1134/S1022795408040169 Kamali, A., Ferguson, D., Dowless, H., Ortiz, N., Mukhopadhyay, R., Schember, C., ... & Kimura, A. (2024). Kamali, A., Ferguson, D., Dowless, H., Ortiz, N., Mukhopadhyay, R., Schember, C., ... & Kimura, A. (2024). Outbreak of invasive Serratia marcescens among persons incarcerated in a state prison, California, USA, March 2020–December 2022. Emerging Infectious Diseases, 30(Suppl 1), S41. https://doi.org/10.3201/eid3001.231234 Kashash, R. R. (2021). Kashash, R. R. (2021). Isolation and molecular identification of Serratia marcescens from different clinical sources in humans and birds (Master’s thesis, University of Baghdad). Kljakić, D., Milosavljević, M. Z., Jovanović, M., Popović, V. Č., & Raičević, S. (2020). Kljakić, D., Milosavljević, M. Z., Jovanović, M., Popović, V. Č., & Raičević, S. (2020). Serratia marcescens as a cause of unfavorable outcome in the twin pregnancy. Open Medicine, 16(1), 81–86. https://doi.org/10.1515/med-2021-0001 Matys, J., Kensy, J., Gedrange, T., Zawiślak, I., Grzech-Leśniak, K., & Dobrzyński, M. (2024). Matys, J., Kensy, J., Gedrange, T., Zawiślak, I., Grzech-Leśniak, K., & Dobrzyński, M. (2024). A molecular approach for detecting bacteria and fungi in healthcare environment aerosols: A systematic review. International Journal of Molecular Sciences, 25(8), 4154. https://doi.org/10.3390/ijms25084154 Mohammadabadi, M. (2016). Inter-simple sequence repeat loci associations with predicted breeding values of body weight in kermani sheep. Genetics in the Third Millennium, 14(4), 4386-4393. https://sciexplore.ir/Documents/Details/472-591-539-924 Mohammadabadi, M. R., Torabi, A., Tahmourespoor, M., & Baghizadeh, A. (2010). Analysis of bovine growth hormone gene polymorphism of local and Holstein cattle breeds in Kerman province of Iran using polymerase chain reaction restriction fragment length. African Journal of Biotechnology, 9(41), 6848-6852. https://www.ajol.info/index.php/ajb/article/view/130242 Mohammadabadi, M., Akhtarpoor, A., Khezri, A., Babenko, O., Stavetska, R. V., Tytarenko, I., Ievstafiieva, Y., Buchkovska, V., Slynko, V. and Afanasenko, V. (2024a). The role and diverse applications of machine learning in genetics, breeding, and biotechnology of livestock and poultry. Agricultural Biotechnology Journal, 16(4), 413-442. https://doi.org/10.22103/jab.2025.24662.1644 Mohammadabadi, M., Babenko Ivanivna, O., Borshch, O., Kalashnyk, O., Ievstafiieva, Y. and Buchkovska, V. (2024c). Measuring the relative expression pattern of the UCP2 gene in different tissues of the Raini Cashmere goat. Agricultural Biotechnology Journal, 16(3), 317-332. https://doi.org/10.22103/jab.2024.24337.1627 Mohammadabadi, M., Kheyrodin, H., Afanasenko, V., Babenko Ivanivna, O., Klopenko, N., Kalashnyk, O., Ievstafiieva, Y., & Buchkovska, V. (2024b). The role of artificial intelligence in genomics. Agricultural Biotechnology Journal, 16(2), 195-279. https://doi.org/10.22103/jab.2024.23558.1575 Mohammadabadi, M., Meymandi, M.G., Montazeri, M., Afanasenko, V., & Kalashnyk, O. (2021a). Molecular characterization of Iranian dromedaries using microsatellite markers. Acta Agronomica, 69(4), 321-330. https://api.semanticscholar.org/CorpusID:249364533 Mohammadabadi, M., Oleshko, V., Oleshko, O., Heiko, L., Starostenko, I., Kunovskii, J., Bazaeva, A., & Roudbari, Z. (2021b). Using inter simple sequence repeat multi-loci markers for studying genetic diversity in guppy fish. Turkish Journal of Fisheries and Aquatic Sciences, 21, 603-613. http://doi.org/10.4194/1303-2712-v21_12_03 Mohammadifar, A., & Mohammadabadi, M. (2018). Melanocortin-3 receptor (MC3R) gene association with growth and egg production traits in fars indigenous chicken. Malaysian Applied Biology, 47(3), 85-90. Mohammadifar, A., & Mohammadabadi, M. R. (2017). The effect of uncoupling protein polymorphisms on growth, breeding value of growth, and reproductive traits in the Fars indigenous chicken. Iranian Journal of Applied Animal Science, 7(4), 679-685. https://journals.iau.ir/article_535799.html Mohammadinejad, F., Mohammadabadi, M., Roudbari, Z., & Sadkowski, T. (2022). Identification of Key Genes and Biological Pathways Associated with Skeletal Muscle Maturation and Hypertrophy in Bos taurus, Ovis aries, and Sus scrofa. Animals, 12(24), 3471. https://doi.org/10.3390/ani12243471 Noori, A. N., Behzadi, M. R. B., & Mohammadabadi, M. R. (2017). Expression pattern of Rheb gene in Jabal Barez Red goat. Indian Journal of Animal Science, 87(11), 1375-1378. https://doi.org/10.56093/ijans.v87i11.75890 Pazla R, Yanti G, Jamarun N, Zain M, Triani HD, Putri EM, Srifani A. Identification of phytase producing bacteria from acidifying Tithonia diversifolia: Potential for ruminant feed development. Saudi J Biol Sci. 2024 Jul;31(7):104006. https://doi.org/10.1016/j.sjbs.2024.104006. Pazla R, Yanti G, Jamarun N, Zain M, Triani HD, Putri EM, Srifani A. Identification of phytase producing bacteria from acidifying Tithonia diversifolia: Potential for ruminant feed development. Saudi J Biol Sci. 2024 Jul;31(7):104006. https://doi.org/10.1016/j.sjbs.2024.104006. Pérez-Viso, B., Aracil-Gisbert, S., Coque, T. M., Del Campo, R., Ruiz-Garbajosa, P., & Cantón, R. (2021). Evaluation of CHROMagar™-Serratia agar, a new chromogenic medium for the detection and isolation of Serratia marcescens. European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases, 40(12), 2593–2596. https://doi.org/10.1007/s10096-021-04319-9 Posluszny, J. A., Jr., Conrad, P., Halerz, M., Shankar, R., & Gamelli, R. L. (2011). Surgical burn wound infections and their clinical implications. Journal of Burn Care & Research, 32(3), 324–333. https://doi.org/10.1097/BCR.0b013e31820aaf4f Prado, L. C. D. S., Giacchetto Felice, A., Rodrigues, T. C. V., Tiwari, S., Andrade, B. S., Kato, R. B., ... & Soares, S. D. C. (2022). New putative therapeutic targets against Serratia marcescens using reverse vaccinology and subtractive genomics. Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, 40(20), 10106–10121. https://doi.org/10.1080/07391102.2021.1931022 Riegman, P. H. J., Becker, K. F., Zatloukal, K., Pazzagli, M., Schröder, U., & Oelmuller, U. (2019). How standardization of the pre-analytical phase of both research and diagnostic biomaterials can increase reproducibility of biomedical research and diagnostics. New Biotechnology, 53, 35–40. https://doi.org/10.1016/j.nbt.2018.03.002 Riley, L. W. (2018). Laboratory methods in molecular epidemiology: Bacterial infections. Microbiology Spectrum, 6(6), 10–1128. https://doi.org/10.1128/microbiolspec.ARBA-0022-2017 Rohit, A., Maiti, B., Shenoy, S., & Karunasagar, I. (2016). Polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) for rapid diagnosis of neonatal sepsis. Indian Journal of Medical Research, 143(1), 72–78. https://doi.org/10.4103/0971-5916.178618 Saadatabadi, L. M., Mohammadabadi, M., Nanaei, H. A., Ghanatsaman, Z. A., Stavetska, R. V., Kalashnyk, O., Kochuk-Yashchenko, O. A., & Kucher, D. M. (2023). Unraveling candidate genes related to heat tolerance and immune response traits in some native sheep using whole genome sequencing data. Small Ruminant Research, 225, 107018. https://doi.org/10.1016/j.smallrumres.2023.107018 Sader, H. S., Farrell, D. J., Flamm, R. K., & Jones, R. N. (2014). Antimicrobial susceptibility of Gram-negative organisms isolated from patients hospitalized in intensive care units in United States and European hospitals (2009–2011). Diagnostic Microbiology and Infectious Disease, 78(4), 443–448. https://doi.org/10.1016/j.diagmicrobio.2013.11.021 Sciesielski, L. K., Osang, L. K., Dinse, N., Weber, A., Bührer, C., Kola, A., & Dame, C. (2023). Validation of a new PCR-based screening method for prevention of Serratia marcescens outbreaks in the neonatal intensive care unit. Neonatology, 120(2), 176–184. https://doi.org/10.1159/000529230 Shokri, S., Khezri, A., Mohammadabadi, M., & Kheyrodin, H. (2023). The expression of MYH7 gene in femur, humeral muscle, and back muscle tissues of fattening lambs of the Kermani breed. Agricultural Biotechnology Journal, 15(2), 217-236. https://doi.org/10.22103/jab.2023.21524.1486 Sulimova, G.E., Azari, M.A., Rostamzadeh, J., Mohammadabadi, M. R., & Lazebny, O. E. (2007). κ-casein gene (CSN3) allelic polymorphism in Russian cattle breeds and its information value as a genetic marker. Russian Journal of Genetics, 43, 73-79. https://doi.org/10.1134/S1022795407010115 Tarach, P. (2021). Application of polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (RFLP-PCR) in the analysis of single nucleotide polymorphisms (SNPs). Acta Universitatis Lodziensis. Folia Biologica et Oecologica, 17, 48–53. https://doi.org/10.18778/1730-536X.17.06 Vijayaraghavan, P., Primiya, R., & Vincent, S. (2013). Thermostable alkaline phytase from Alcaligenes sp. in improving bioavailability of phosphorus in animal feed: In vitro analysis. ISRN Biotechnology, 2013, Article 394305. https://doi.org/10.5402/2013/394305 | ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 154 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 92 |