
تعداد نشریات | 26 |
تعداد شمارهها | 447 |
تعداد مقالات | 4,557 |
تعداد مشاهده مقاله | 5,379,998 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 3,580,063 |
ارزیابی تنوع ژنتیکی ژنوتیپهای زیتون بر اساس DNA با استفاده از نشانگرهای مولکولی RAPD | ||
مجله بیوتکنولوژی کشاورزی | ||
دوره 17، شماره 2، اردیبهشت 1404، صفحه 361-380 اصل مقاله (503.51 K) | ||
نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22103/jab.2025.25161.1695 | ||
نویسنده | ||
فلاح ح.ر. المیاحی* | ||
گروه باغبانی و طراحی فضای سبز، دانشکده کشاورزی و تالابها، دانشگاه ذیقار، عراق. | ||
چکیده | ||
هدف: درخت زیتون (Olea europaea L.) که یکی از ارکان کشاورزی مدیترانهای به شمار میرود، از کهنترین گونههای میوهای کشتشده و متعلق به خانواده زیتونیان (Oleaceae) است. با افزایش تقاضای جهانی برای روغن زیتون، نیاز به افزایش تولید از طریق مطالعه و حفاظت از تنوع ژنتیکی بیش از پیش احساس میشود. نشانگرهای DNA چندشکلی تکثیرشده تصادفی (RAPD) روشی ساده، سریع، مقرونبهصرفه و قابل تکرار برای ارزیابی تنوع ژنتیکی در سطوح بینگونهای و درونگونهای فراهم میکنند. هدف از این مطالعه، ارزیابی تنوع ژنتیکی و روابط بین ژنوتیپهای زیتون در عراق با استفاده از نشانگرهای مولکولی RAPD به منظور پشتیبانی از برنامههای اصلاحی و حفاظت ژرمپلاسم بود. مواد و روشها: این مطالعه در سال ۲۰۲۳ در آزمایشگاههای بیوتکنولوژی دانشکده کشاورزی دانشگاه بغداد انجام شد. در این تحقیق، ده ژنوتیپ زیتون شامل Arbequina، Ashrasy، Zaity، Efreny، Leccino، Gemlik، Koroneiki، Dahkan، Alshamy و Frantoio که از مناطق جغرافیایی مختلف عراق جمعآوری شده بودند، مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند. DNA ژنومی از نمونههای برگ تازه استخراج شد و تنوع ژنتیکی با استفاده از ده آغازگر RAPD شاملOPA1، OPA8، OPB8، OPC3، OPC7، OPJ5، OPR2، OPV1، OPX4 و OPY3 ارزیابی گردید. محصولات واکنش زنجیرهای پلیمراز (PCR) از طریق الکتروفورز روی ژل برای شناسایی باندهای چندشکلی تحلیل شدند. نتایج: ده آغازگر RAPD مجموعاً ۹۸ باند تولید کردند. آغازگر OPX4 بیشترین تعداد باند (۱۳ باند) و آغازگرهای OPA1 و OPC3 کمترین (هر کدام ۷ باند) را تولید کردند. میانگین تعداد باندها برای هر آغازگر ۹.۸ بود. تحلیل شباهت ژنتیکی نشان داد که ژنوتیپهای Dahkan و Koroneiki بیشترین نزدیکی را با ضریب شباهت 714/0 دارند که بیانگر فاصله ژنتیکی پایین بین آنهاست. تحلیل خوشهای با استفاده از روش گروهبندی بدون وزن با میانگین حسابی (UPGMA) ژنوتیپها را به سه خوشه اصلی تقسیم کرد: خوشه اول (Arbequina، Alshamy، Dahkan، Koroneiki، Ashrasy)، خوشه دوم (Leccino، Zaity، Efreny ) و خوشه سوم (Gemlik، Frantoio ). این گروهبندیها نشانگر پروفایلهای ژنتیکی متمایز در میان ژنوتیپها هستند. نتیجهگیری: این مطالعه تنوع ژنتیکی قابل توجهی را در میان ژنوتیپهای زیتون عراقی نشان میدهد و بینشهای حیاتی برای برنامههای اصلاحی با هدف افزایش عملکرد و مقاومت فراهم میکند. روابط ژنتیکی شناساییشده و الگوهای خوشهای پشتیبانیکننده از راهبردهای هدفمند حفاظت از ژرمپلاسم برای حفظ منابع ژنتیکی ارزشمند جهت تولید پایدار زیتون در عراق هستند. | ||
کلیدواژهها | ||
تنوع ژنتیکی؛ حفاظت ژرمپلاسم؛ ژنوتیپهای زیتون؛ نشانگرهای RAPD؛ Olea europaea | ||
مراجع | ||
Belaj, A., Muñoz-Diez, C., Baldoni, L., Porceddu, A., Barranco, D., & Satovic, Z. (2007). Genetic diversity and population structure of wild olives from the north-western Mediterranean assessed by SSR markers. Annals of Botany, 100(3), 449-458. https://doi.org/10.1093/aob/mcm132 Belaj, A., Trujillo, I., & Rallo, L. (2002). RAPD analysis supports the autochthonous origin of olive cultivars. Acta Horticulturae, 586, 83-86. https://doi.org/10.17660/ActaHortic.2002.586.8 Bradeen, J. M., Staub, J. E., Wye, C., Antonise, R., & Peleman, J. (2001). Towards an expanded and integrated linkage map of cucumber (Cucumis sativus L.). Genome, 44(1), 111-119. https://doi.org/10.1139/g00-093 Brake, M., Migdadi, H., Al-Gharaibeh, M., Ayoub, S., Haddad, N., & El Oqlah, A. (2014). Characterization of Jordanian olive cultivars (Olea europaea L.) using RAPD and ISSR molecular markers. Scientia Horticulturae, 176, 282-289. https://doi.org/10.1016/j.scienta.2014.07.012 Brickner, J. H., Lynch, T. J., Zeilinger, D., & Orias, E. (1996). Identification, mapping, and linkage analysis of randomly amplified DNA polymorphisms in Tetrahymena thermophila. Genetics, 143(2), 811-821. https://doi.org/10.1093/genetics/143.2.811 del Río, C., & Caballero, J. M. (1994). Preliminary agronomical characterization of 131 cultivars introduced in the olive germplasm bank of Cordoba in March 1987. Acta Horticulturae, 356, 110-115. https://doi.org/10.17660/ActaHortic.1994.356.24 Deng, C. L., Zhou, J., & Gao, W. J. (2006). Assessment of genetic diversity of Lycoris longituba (Amaryllidaceae) detected by RAPDs. Journal of Genetics, 85(3), 205-209. https://doi.org/10.1007/BF02935332 Doyle, J. J. (1991). DNA protocols for plants. In G. M. Hewitt, A. W. B. Johnston, & J. P. W. Young (Eds.), Molecular techniques in taxonomy (pp. 283-293). Springer. https://doi.org/10.1007/978-3-642-83962-7_18 Doyle, J. J., & Doyle, J. L. (1987). A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue. Phytochemical Bulletin, 19(1), 11-15. https://www.scirp.org/reference/referencespapers?referenceid=1698909 Fabbri, A., Baldoni, L., Caruso, T., & Famiani, F. (2024). Botany and production of the olive. In The olive: Botany and production (pp. 1-20). CABI Publishing. https://doi.org/10.1079/9781789247350.0002 Falakro, K., Jahangirzadeh Khiavi, S., Gholami, M., & Pour Azizan, S. (2022). RAPD markers, instruments for determining the genetic relationships of tea plant in Iran. Journal of Plant Research (Iranian Journal of Biology), 35(1), 175-189. Genaidy, E. A. E., Merwad, M. A., & Haggag, L. F. (2015). Effect of algae, humic acid, and waste organic material in culture media on growth performance of “Picual” olive seedlings. International Journal of ChemTech Research, 8(11), 43-50. https://www.sphinxsai.com/2015/ch_vol8_no11/1/(43-50)V8N11CT.pdf Golmohammadi, M., Sofalian, O., Ahmadi, J., Taheri, M., Ghanbari, A., & Rasoli, V. (2019). Evaluation of genetic variation in some Iranian and foreign cultivars and promising genotypes of olive using ISSR markers. Modern Genetics Journal, 13(4), 479-487. https://mg.genetics.ir/article_83.html Hadeib, T., & Hassawi, D. S. (2006). Genetic analysis of Jordanian olive (Olea europaea L.) using random amplified polymorphic DNA (RAPD). Jordan Journal of Agricultural Sciences, 2(2), 95-102. Hassawi, D. S., & Hadeib, T. (2004). Genetic analysis of olive genotypes (Olea europaea L.) using random amplified polymorphic DNA (RAPD). Journal of Genetics and Breeding, 58(2), 141-148. https://scispace.com/journals/journal-of-genetics-and-breeding-13af0sf0/2004 Hernández, P., de la Rosa, R., & Rallo, L. (2001). Development of SCAR markers in olive (Olea europaea) by direct sequencing of RAPD products: Applications in olive germplasm evaluation and mapping. Theoretical and Applied Genetics, 103(5), 788-791. https://doi.org/10.1007/s001220100603 Javanmard, A., Mohammadabadi, M. R., Zarrigabayi, G. E., & Gharahedaghi, A. A. (2008). Polymorphism within the intron region of the bovine leptin gene in Iranian Sarabi cattle (Bos taurus). Russian Journal of Genetics, 44(4), 495-497. https://doi.org/10.1134/S1022795408040169 Khanam, S., Sham, A., Bennetzen, J. L., & Aly, M. A. M. (2012). Analysis of molecular marker-based characterization and genetic variation in date palm (Phoenix dactylifera L.). Australian Journal of Crop Science, 6(8), 1236-1244. https://doi.org/10.3316/informit.797136773999973 Ma, R., Yli-Mattila, T., & Pulli, S. (2004). Phylogenetic relationships among genotypes of worldwide collection of spring and winter ryes (Secale cereale L.) determined by RAPD-PCR markers. Hereditas, 140(3), 210-221. Maiuf, M. H., & Al-Mayahi, F. H. (2023). Morphological study of olive cultivars Olea europaea L. cultivated in central and southern Iraq. In IOP Conference Series: Earth and Environmental Science (Vol. 1262, No. 4, p. 042064). IOP Publishing. https://doi.org/10.1088/1755-1315/1262/4/042064 Mohammadabadi, M. (2016). Inter-simple sequence repeat loci associations with predicted breeding values of body weight in Kermani sheep. Genetics in the Third Millennium, 14(4), 4386-4393. https://sciexplore.ir/Documents/Details/472-591-539-924 Mohammadabadi, M. R., Torabi, A., Tahmourespoor, M., & Baghizadeh, A. (2010). Analysis of bovine growth hormone gene polymorphism of local and Holstein cattle breeds in Kerman province of Iran using polymerase chain reaction restriction fragment length. African Journal of Biotechnology, 9(41), 6848-6852. https://www.ajol.info/index.php/ajb/article/view/130242 Mohammadabadi, M., Akhtarpoor, A., Khezri, A., Babenko, O., Stavetska, R. V., Tytarenko, I., Ievstafiieva, Y., Buchkovska, V., Slynko, V., & Afanasenko, V. (2024a). The role and diverse applications of machine learning in genetics, breeding, and biotechnology of livestock and poultry. Agricultural Biotechnology Journal, 16(4), 413-442. https://doi.org/10.22103/jab.2025.24662.1644 Mohammadabadi, M., Babenko Ivanivna, O., Borshch, O., Kalashnyk, O., Ievstafiieva, Y., & Buchkovska, V. (2024c). Measuring the relative expression pattern of the UCP2 gene in different tissues of the Raini Cashmere goat. Agricultural Biotechnology Journal, 16(3), 317-332. https://doi.org/10.22103/jab.2024.24337.1627 Mohammadabadi, M., Kheyrodin, H., Afanasenko, V., Babenko Ivanivna, O., Klopenko, N., Kalashnyk, O., Ievstafiieva, Y., & Buchkovska, V. (2024b). The role of artificial intelligence in genomics. Agricultural Biotechnology Journal, 16(2), 195-279. https://doi.org/10.22103/jab.2024.23558.1575 Mohammadabadi, M., Meymandi, M. G., Montazeri, M., Afanasenko, V., & Kalashnyk, O. (2021a). Molecular characterization of Iranian dromedaries using microsatellite markers. Acta Agronomica, 69(4), 321-330. https://api.semanticscholar.org/CorpusID:249364533 Mohammadabadi, M., Oleshko, V., Oleshko, O., Heiko, L., Starostenko, I., Kunovskii, J., Bazaeva, A., & Roudbari, Z. (2021b). Using inter simple sequence repeat multi-loci markers for studying genetic diversity in guppy fish. Turkish Journal of Fisheries and Aquatic Sciences, 21, 603-613. https://doi.org/10.4194/1303-2712-v21_12_03 Mohammadifar, A., & Mohammadabadi, M. (2018). Melanocortin-3 receptor (MC3R) gene association with growth and egg production traits in Fars indigenous chicken. Malaysian Applied Biology, 47(3), 85-90. Mohammadifar, A., & Mohammadabadi, M. R. (2017). The effect of uncoupling protein polymorphisms on growth, breeding value of growth, and reproductive traits in the Fars indigenous chicken. Iranian Journal of Applied Animal Science, 7(4), 679-685. https://journals.iau.ir/article_535799.html Mohammadinejad, F., Mohammadabadi, M., Roudbari, Z., & Sadkowski, T. (2022). Identification of key genes and biological pathways associated with skeletal muscle maturation and hypertrophy in Bos taurus, Ovis aries, and Sus scrofa. Animals, 12(24), 3471. https://doi.org/10.3390/ani12243471 Navero, D. B. (2000). World catalogue of olive varieties. International Olive Oil Council. https://books.google.com/books?id=Y7gZywAACAAJ Noori, A. N., Behzadi, M. R. B., & Mohammadabadi, M. R. (2017). Expression pattern of Rheb gene in Jabal Barez Red goat. Indian Journal of Animal Science, 87(11), 1375-1378. https://doi.org/10.56093/ijans.v87i11.75890 Pan, S. J., & Chen, Q. F. (2010). Genetic mapping of common buckwheat using DNA, protein and morphological markers. Hereditas, 147(1), 27-33. https://doi.org/10.1111/j.1601-5223.2009.02116.x Powell, W., Morgante, M., Andre, C., Hanafey, M., Vogel, J., Tingey, S., & Rafalski, A. (1996). The comparison of RFLP, RAPD, AFLP and SSR (microsatellite) markers for germplasm analysis. Molecular Breeding, 2, 225-238. https://doi.org/10.1007/BF00564200 Rawashdseh, I. (2003). Detecting genetic variation in mutants of olive cultivar Nabali using RAPD‐PCR technique in Jordan. Dirasat Agric. Sci., 30(2), 133-136. Saadatabadi, L. M., Mohammadabadi, M., Nanaei, H. A., Ghanatsaman, Z. A., Stavetska, R. V., Kalashnyk, O., Kochuk-Yashchenko, O. A., & Kucher, D. M. (2023). Unraveling candidate genes related to heat tolerance and immune response traits in some native sheep using whole genome sequencing data. Small Ruminant Research, 225, Article 107018. https://doi.org/10.1016/j.smallrumres.2023.107018 Sanz-Cortés, F., Badenes, M. L., Paz, S., Iniguez, A., & Llacer, G. (2001). Molecular characterization of olive cultivars using RAPD markers. Journal of the American Society for Horticultural Science, 126(1), 7-12. https://doi.org/10.21273/JASHS.126.1.07 Shokri, S., Khezri, A., Mohammadabadi, M., & Kheyrodin, H. (2023). The expression of MYH7 gene in femur, humeral muscle, and back muscle tissues of fattening lambs of the Kermani breed. Agricultural Biotechnology Journal, 15(2), 217-236. https://doi.org/10.22103/jab.2023.21524.1486 Singh, J. P., Verma, R., & Chaudhuri, P. (2006). Random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis of Mycobacterium tuberculosis strains in India. Journal of Veterinary Science, 7(2), 181-187. https://doi.org/10.4142/jvs.2006.7.2.181 Sulimova, G. E., Azari, M. A., Rostamzadeh, J., Mohammadabadi, M. R., & Lazebny, O. E. (2007). κ‐casein gene (CSN3) allelic polymorphism in Russian cattle breeds and its information value as a genetic marker. Russian Journal of Genetics, 43, 73-79. https://doi.org/10.1134/S1022795407010115 Swofford, D. L. (1990). Phylogenetic reconstruction. In Molecular Systematics (pp. 411-501). Tisarum, R., Samphumphuang, T., Prommee, W., Mongkolsiriwatana, C., & Cha-Um, S. (2020). True-to-type micropropagated plants of para rubber (Hevea brasiliensis Mull. Arg.) via somatic embryogenesis. Notulae Botanicae Horti Agrobotanici Cluj-Napoca, 48(4), 1901-1914. https://doi.org/10.15835/48412034 Vos, P., Hogers, R., Bleeker, M., Reijans, M., van de Lee, T., Hornes, M., Frijters, A., Pot, J., Peleman, J., Kuiper, M., et al. (1995). AFLP: A new technique for DNA fingerprinting. Nucleic Acids Research, 23(21), 4407-4414. https://doi.org/10.1093/nar/23.21.4407 Wiesman, Z., Avidan, N., Lavee, S., & Quebedeaux, B. (1998). Molecular characterization of common olive varieties in Israel and the West Bank using randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) markers. Journal of the American Society for Horticultural Science, 123(5), 837-841. https://doi.org/10.21273/JASHS.123.5.837 | ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 201 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 98 |