آمار
| تعداد نشریات | 26 |
| تعداد شماره‌ها | 447 |
| تعداد مقالات | 4,557 |
| تعداد مشاهده مقاله | 5,380,003 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 3,580,074 |
بهینه‌سازی روش ذوب با وضوح بالا: مطالعه موردی روی ژن مسئول تبدیل اولئیک اسید به لینولئیک اسید در گلرنگ | ||
| مجله ژنتیک و به‌نژادی گیاهی | ||
| دوره 1، شماره 3، مهر 1403، صفحه 1-18 اصل مقاله (1.57 M) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22103/gpb.2024.4849 | ||
| نویسندگان | ||
| مهدی پیل آقایی1؛ زهرا سادات شبر* 2؛ سیدسعید پورداد3 | ||
| 1دانشجوی دکتری، گروه نانوبیوتکنولوژی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران. | ||
| 2دانشیار، گروه زیست شناسی سامانه‌ها، پژوهشگاه بیوتکنولوژی کشاورزی، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران. | ||
| 3گروه زیست‌شناسی سامانه‌ها، پژوهشگاه بیوتکنولوژی کشاورزی، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران. | ||
| چکیده | ||
| هدف: روش ذوب با وضوح بالا (HRM) یک ابزار مقرون به صرفه، اختصاصی و سریع است که برای تجزیه و تحلیل انواع توالی، غربالگری و ژنوتیپ‌سنجی کاربرد دارد. این روش بر اساس خواص ذوب DNA دو رشته‌ای، تغییرات نوکلئوتیدی کوچک را تشخیص می‌دهد. هدف پژوهش حاضر، بهینه‌سازی آزمون HRM برای ژنوتیپ‌سنجی گلرنگ از نظر محتوای اولئیک اسید است. نقش ژن FAD2-1، اضافه کردن یک پیوند دوگانه در سوبسترای اولئیک اسید و تبدیل آن به لینولئیک اسید است. در رقم‌های با محتوای بالای اولئیک اسید، وجود یک SNP در این ژن گزارش شده که موجب به‌وجود آمدن کدون خاتمه زودرس و از کار افتادن آنزیم حاصل می‌شود. بنابراین تشخیص صحیح و سریع ژنوتیپ‌های دارای SNP مذکور در ژن FAD2-1 می‌تواند راه‌کار مناسبی برای تشخیص ژنوتیپ‌های گلرنگ با محتوای بالای اولئیک اسید باشد. مواد و روش‌ها: در این مطالعه، روش HRM با استفاده از دو رنگ فلورسنت اواگرین و سایبرگرین، سه غلظت مختلف DNA ژنومی الگو و دو جفت آغازگر مختلف به‌نام HRM1 و HRM2 (که قطعه حاصل از تکثیر با استفاده از آن‌ها دربردارنده SNP مذکور بوده و به‌ترتیب شامل 117 و 265 جفت باز می‌باشد) روی هشت ژنوتیپ گلرنگ انجام شد تا شرایط مناسب برای تفکیک منحنی ذوب برای ژنوتیپ‌های دارای SNP و بدون آن مشخص شود. نتایج: در مقایسه آغازگرهای HRM1 و HRM2، آغازگر HRM1 به‌دلیل تولید قطعه کوچک 117 جفت بازی، تفکیک را بهتر از آغازگر HRM2 که قطعه بزرگتر 265 جفت بازی تولید می‌کرد، انجام داد و در مقایسه رنگ اواگرین و سایبرگرین، اواگرین توانست در یک واکنش PCR، ژنوتیپ‌های بیشتری را به‌درستی تفکیک کند. همچنین، غلظت DNA در محدوده مورد بررسی تأثیر چندانی در تفکیک منحنی‌های ذوب نداشت. نتیجه‌گیری: این مقاله یافته‌های پیشین را تایید و گسترش می‌دهد که تفکیک منحنی‌های ذوب برای قطعات تکثیر‌شده کوچک‌تر بهتر صورت می‌گیرد و رنگ اواگرین جایگزین مناسبی برای رنگ سایبرگرین بوده و با استفاده از رنگ اواگرین می‌توان به کارآیی بهتری دست یافت. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| اواگرین؛ چندشکلی تک نوکلئوتیدی؛ منحنی ذوب؛ ریل تایم پی‌سی‌آر؛ ژنوتیپ‌سنجی | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 45 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 29 |
||